他に目に付く資格(例:ソフトウェア開発、日商簿記1級など)がない状態だと、3.9ではちょっと厳しいかと思います。というのも3.8以下の成績を受験資格に挙げている大学もありますが、まず受験してくる人たちは、4.5など遥かに上部の成績で、わんさか受験してくることが多いです。その中で、特に推薦入試はさっき挙げた資格などがあると一段と輝いてくるのですが、それでも当日の試験結果が抜群でないと厳しいです。
あと本当かは分かりませんが、もしも質問者様が普通科高校以外の商業科高校など専門課程高校に通っていて5段階評価3.9ならば、普通科高校の3.9よりも価値が下がると、かつての恩師より聞いたことがあります。
あと部活動は特に成績を残さなくても、とりあえず3年間継続して努力したというところにも目が行きます。質問者様は3年間続けられているので、面接などで言えば、それなりのアドバンテージにはなると思います。
小論文・面接以外に頑張ることは、「無遅刻」「無欠席」を頑張ってください。遅刻・欠席は結構大きなポイントです。あとはどの道役に立つので、時事用語を完璧に覚えることです。また、ディスカッション・ディベートを受験科目に持ってくるところは最近増えています。友人4人くらいで集まり、10分程度時間を設けて、一貫したテーマ(例:代理出産に賛成か?反対か?)などを言葉で闘いましょう!
とりあえず、何を目的にその大学へ入学したいのか、その大学で何をしたいのか、をパパッと言えるようにすることです。
あきらめることはないと思いますし、受験価値は大きいですよ。