ポアサイズが大きいと低分子量のタンパク質が通り抜けやすいので、ターゲットが低分子のときは小さいポアサイズのものを選べということですね。高分子量がターゲットのときに、小さいポアサイズのものを使っていけないということはないと思います。
デメリットがあるとすれば、非特異的なバンドが検出されやすくなることがあるというところでしょうか。ニトロセルロースよりPVDFのほうがタンパク質の捕捉力が高いのですが、前者では検出されなかった非特異的バンドが後者では検出されるということは良くあります。まあ、これは前者ではタンパク質のロスがあるために非特異的なバンドのシグナルが弱くなっているということでしょうが。
低分子のブロットの効率が低くなるのはメンブレンを通り抜けてしまうからですが、高分子が転写されにくいのは、ゲルからの移動度が低くなるからです。これはメンブレンを変えても改善しません。高分子用に最適化した転写バッファー（成書やブロット装置の説明書を参照してください）を使うとか、低電圧・長時間の転写をすると向上します。
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