No.1の方が答えているように、原子、分子に色があるからこそその集合体にも色が付いて見えます。
しかし、もちろん光では直接原子、分子（巨大高分子は除く）の形を見ることは出来ません。
簡単にイメージするには、カメラとか双眼鏡とかを用意して、まずピントのあった状態で赤いボールを見ます。
するとボールの形も、ボールの表面の状態もよく見えるはずです。
でも、ピントを思い切りはずすとぼやけた像が見えます。でもぼんやりと赤い色であることはわかるでしょう。
光で原子、分子を見たときにはそう言う状態になります。
形をよく見ようとすると、電子顕微鏡など他の手段になりますが、このときには可視光領域の色の状態はわからなくなりますね。
では。
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