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SDS-PAGE 移動度について
teru-araiの回答
実習みたいな中身だけど、それなら担当教官に訊けば良いと思うが・・・？ >ブロモフェノールブルーの移動度を1とした各試料の相対移動度であるということですが、ブロモフェ ノールブルーの移動度はどこからわかるのでしょうか。 意味がよくわかりませんが、ブロモフェノールブルーがどれだか解らないのですか？ >SDS-PAGEの結果のカラーコピーがあるのですが、これをものさしで測ってやればいいのでしょうか？ はい、そうです。普通はゲル上端からの距離を測ります。 ところで、バンドには太さがありますね。バンドの上端、真ん中、下端間での距離のうちどこが良いと思 いますか？ 全てに当てはまるわけでは無いのですが、下端をおすすめします。なぜかというと、タンパ ク質量をどんどん増やしてみます。するとバンドはどんどん太くなり、それにつれて、真ん中と上端の位 置はどんどん上がっていきますが、下端の位置はほぼ同じです（かなり大量になるともちろん下がって きます）。比較的タンパク質量に依らずたいてい同じ位置になるので（ときどきあれ？というのはあるの ですが）、下端が一番おすすめです。 >タンパク質精製のいろいろな段階からとったもので3種類あります。これらの試料から、チトクロムCの 純度を求めるのですが、これはSDS-PAGEで染色されたすべての部分の総分子量(1)とチトクロムC の分子量(2)をもちいて, (2)/(1)で求めればいいのでしょうか？ 全然違います。どのくらい純度があるかというのですから、チトクロムCのタンパク質量（重さ、つまり単 位はｍｇとか）/全タンパク質量（チトクロムCの量+それ以外のタンパク質量）、これが純度です。 しかし、ゲルの中のタンパク質の量を重さで求めるのは無理があるので、タンパク質量と染色の濃さ は比例し、かつ全てのタンパク質で比例常数は同じと仮定します。つまり、どのタンパク質のバンドで あっても、バンドの染色の濃さをそのタンパク質の量としてしまうと言う意味です。 従ってスキャンイングのパ ターンが必要になります。そこから、足し算、割り算をしてください。
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teru-arai様 早速のお返事ありがとうございました。 とても詳しくご教示くださり、ありがとうございます。 >ブロモフェノールブルーの移動度を1とした各試料の相対移動度であるということですが、ブロモフェ ノールブルーの移動度はどこからわかるのでしょうか。 意味がよくわかりませんが、ブロモフェノールブルーがどれだか解らないのですか？ はい、ブロモフェノールブルーがどれだかわからないです・・・マーカーと試料123の結果しかないのですが、どこをみればわかるのでしょうか。すいません。。。 他は理解できました。 確かに、担当教員の方にきくべきでしたが、勉強不足だったので、実習中に聞くことが出来ませんでした。担当されている先生はご多忙なため、締め切りまでに会うことができません。 こちらの勉強不足を大変反省しております。 ありがとうございました。 重ねて恐縮ですが、上の質問について、できればご返答くださるとうれしいです。