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3´側の配列を知るには
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もっと効果的な方法があるのかもしれませんが、私が思いつくのはこのような感じです。 RNAにpoly(A)を付加する酵素やキットが販売されていますので、それでpoly(A)tailを付けてから、oligo dTプライマーで逆転写→3'-RACEを行えばよいのではないでしょうか？ 3'側のみの質問ですのでおそらくRACEについては説明不要と思い、割愛いたしますが、詳細はMolecular Cloning等の一般的な教科書に載っています。
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- cilantro
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capを付加するキットは聞いたことがありませんが、5'末端の配列は原理的には5'-RACEで全長解読可能なので、末端配列解析の目的では不要でしょうね。 RACEに関しても各社からキットが販売されており、メーカーによっていろいろと工夫があります。 カタログやメーカーホームページで一度詳細をご覧になるとよくわかるかもしれません。 検索すれば、参考URLのものを含め、色々なプロトコルが見つかると思います。
お礼
早速見ました。 キットは便利ですが高いのですね・・・ お礼遅くなりましたが、ありがとうございました！
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