- ベストアンサー
DNAのエチブロ染色について
あらかじめ、アガロースゲルにEtBr（エチジウムブロマイド）を混ぜてゲルを固め、電気泳動を行い、紫外線照射下で、そのゲルを見てみると、ゲルの先端部、すなわちゲルの陽極側の部分は、うまくDNAが染色されません。なぜでしょうか？あたかもEtBrが分解されてしまっているようです。原理を教えてください。よろしくお願いします。
- usagi-kirin
- お礼率35% (5/14)
- 生物学
- 回答数2
- ありがとう数5
- みんなの回答 （2）
- 専門家の回答
質問者が選んだベストアンサー
EtBrは、水溶液中で電離してプラスチャージをもちますので、wellの方(マイナスの方)へ移動します。バッファーにEtBrがないと、プラス側のゲルにEtBrが補充されないのでそこから抜けてくるように見えるわけです。
その他の回答 (1)
- yakyutuku
- ベストアンサー率14% (267/1890)
完璧な回答がすでに出てますね。それを防ぎたければ後染めすることです。
関連するQ&A
- エチジウムブロマイドの添加
DNAのアガロースゲル電気泳動では、一般に、その泳動用緩衝液とゲルにエチジウムブロマイドが含まれているらしいのですが、私は泳動後にエチジウムブロマイド溶液で染色するだけで、緩衝液にもゲルにもエチジウムブロマイドを加えたことがありません。緩衝液やゲルに加えるのには染色以外の目的があるのでしょうか？教えてください！
- ベストアンサー
- 生物学
- エチジウムブロマイドについて
まったくの初心者なので・・・・・。 泳動後のゲルの染色についてお尋ねしたいのですが、 アガロースゲルでDNAを泳動した後、エチジウムブロマイドで染色しようと思っています。その時のエチジウムブロマイドの適当な濃度と染色時間を知りたいです。本によって濃度が 様々であり 困ってます。 誰か教えて下さい。宜しくお願いします。
- ベストアンサー
- 生物学
- プラスミドDNAを電気泳動する時と吸光度測定した時との濃度差について。
土壌に含まれる微生物を特定する研究をしており、PCRを行うために細菌よりプラスミドDNAを取り出し、取れたか確認のために電気泳動を行いました。 ゲルは、1％のアガロースゲルを用い、ゲル作成時に使用した溶液と電気泳動の際のバッファー溶液は1×TAEを使用しました。 1ヶ月ほど前にプラスミドDNAを抽出し、電気泳動を行い、エチジウムブロマイドで染色、紫外線を当て観察すると、23000bp付近にバンドが確認出来ました。 このときの濃度を吸光光度測定で計測すると、DNAの量は650μg/mlでした。 ところが最近、前回と同じ操作でDNA抽出をしたのですが、今回の場合、電気泳動を行い、エチジウムブロマイド染色をし、紫外線を当て観察すると、前回よりもバンドの蛍光は強くなっていました。 しかし、このときの濃度を吸光光度測定で計測すると、DNAの濃度は200μg/mlまで低くなっていました。 なぜ、このように電気泳動をした時の蛍光が強くなったにもかかわらず、DNAの濃度は下がってしまったのでしょうか？ マーカーの蛍光は、前回と同じように見えました。 また、このサンプルを用いてPCR操作を行う事は出来るのでしょうか？ 本を調べ、アルカリや酸で加水分解されると核酸はモノヌクレオチドになり、260nmの吸光度は高分子核酸に比べて10～15％増加するという事は分かったのですが、これが決定的な原因では無いと思います。 原因の予想がつく方がいらっしゃるなら、教えていただけると幸いです。
- ベストアンサー
- 生物学
- 電気泳動エチジウムブロマイド染色について
核酸の電気泳動の際のエチジウムブロマイド染色について仕組みを教えてください。DNA染色の場合インターカレーションを利用するのは分かったのですが、RNAの場合のエチブロ染色原理がどうしても分かりません。お願いします。
- 締切済み
- 生物学
- アガロース電気泳動での染色について
現在EtBrとGelRedでの染色比較実験を行っています。 Low Molecular Weight DNA Ladderをマーカーとして両端に流しているのですが、GelRedで染色した場合は、なぜか各バンドが分離せず、尾を引いてしまいます。 EtBrとGelRedの染色では、分離能にも差が生じるのでしょうか？ 泳動に用いた条件を下に書くので、原因と思われるものがあれば、指摘していただけませんか？ ５％アガロースゲル EtBr・GelRedで、メーカー規定通りの条件でプレ染色 マーカーは各レーン200ngアプライ 泳動バッファーは0.5×TBEで、再利用
- ベストアンサー
- 化学
- ＤＮＡのエチブロ染色について
エチブロ染色の原理は、二本鎖DNAの内部にインターカレートしたエチブロ分子を持つと、吸収したＵＶ光のエネルギーをエチブロに渡し、励起されて590 nmの蛍光を放射し、それを検出することで二本鎖DNAのみの存在が分かるということでした。詳細には、エチブロの本来の吸収波長は300 nmで核酸は260 nmであり、300 nmの波長をあまり含まない260 nmの波長で励起することで、遊離したエチブロは励起されず、二本鎖に挟まったエチブロのみが光るということでした。疑問に思ったのは、二本鎖DNAは260 nmの波長で励起されると300 nmの波長を放射するのでしょうか？よってこの300 nmのエネルギーをインターカレートしたエチブロに転移することができるのでしょうか？二本鎖DNAが、ゲル中で300 nmの波長を放射すると、別にインターカレートしていなくても遊離状態のエチブロにも届いて励起することができてしまう気がします。いまいち起こっている波長のやりとりがよく分かりません。 よろしくお願いします。
- ベストアンサー
- 生物学
- sybergreen,gold,エチブロの染色性
DNAをゲルに泳動した際の染色で、サイバーグリーンとサイバーゴールドとエチブロの染色性の違いを知りたいのですが、どなたか教えてください。 サイバーグリーン＞エチブロ というのは知っていて、実感済みです。理論上言われているよりはたいした差は無いように感じますが。 サイバーゴールドはどうなのでしょうか? またオススメのメーカーの商品がありましたら、教えてください。 また他にもっといい蛍光色素がありましたら教えてください。
- 締切済み
- 生物学
- アガロースゲルからのＤＮＡの単離
電気泳動を行ったアガロースゲルからＤＮＡをＢＩＯ‐ＲＡＤ社のPrep-A-Gene Purification Systemsによって単離しているのですが、このキットでは５０kbまでのＤＮＡしか単離できません。５０kb以上のＤＮＡをゲルから単離する方法にはどんな方法があるのですか？
- 締切済み
- 生物学
お礼
的確な回答ありがとうございました。 モヤモヤが解決してすっきりしました。