Chem 3Dについて教えて下さい。

質問

今、Chem Drawで描いた化学構造を、
Chem 3Dで立体モデルにしてます。
その構造を安定化したものに修正しようと思ったのですが、
「MM2」と「MOPAC」のどちらにも「minimize energy」とあります。
この2つの違いは何ですか？
すみません、初歩的な質問で・・・。

回答No.1

gyopi · ベストアンサー

yondaさん，こんばんは．
MM2というのは分子力学法の一つの方法で，MOPACは半経験的分子軌道法
という方法です．詳しく説明すると難しいのですが，簡単な違いを説明すると，
MM2は電子の寄与による構造変化を考慮しない方法で，ボールにバネをくっつけて
空に放り投げた時にどの状態が一番安定化？という結合距離や結合角を探す方法
です（←厳密にはちょっと違いますが・・・）．
それに対して，MOPACというのは電子状態を考慮して結合距離や結合角を決定し
ます．要するに波動関数を計算する訳です（←これも実際はちょっと違う）．
でっ，どちらが良いかという問題になると思いますが，『用途による』というのが
正確な答えになると思います．電子状態まで考慮して計算すべきか？という
問題です．
また，ＭＭ法にしろ，ＭＯＰＡＣにしろ初期構造が非常に重要になります．
ＭＭの場合にはバネの種類をしっかり設定しなければなりませんし，ＭＯＰＡＣで
は，最適なハミルトニアンを指定しなければなりません．
当然，初期入力構造にも依存しますから，その点にも注意が必要です．

お礼

gyopiさん、丁寧な回答ありがとうございます。

MM2、MOPACどちらもやってみましたが、
素人にはなかなか違いが判らない・・・。
MM2のほうが時間がかからなくて、使いやすい感じがします。
（そういう事で選んだらいけませんね。ほんとは）
う～ん、しかし電子状態を考慮したほうが後々、
教授に説明するとき楽かもしれない・・。

Chem 3Dでわからない事が出てきたら、また質問しますね。
どうもありがとうございました。