htokitaさんと同じで、特に心配はないと思います。
私の場合、仕事で赤ん坊の皮膚などを撮影することがありますが、時たま顔や目の周辺をとる必要に迫られることがあります。小児科医や新生児専門医などに大丈夫か聞いてから撮影していますが、結構赤ちゃんは目をぱちくりして喜んでくれます。
撮影には、通常リング・スピードライト（リング・ストロボ、影を作らないように）でISO100フイルムを使用しています。フラッシュは使いません。私はフラッシュといわれるとバブル・フラッシュのことと思ってしまいます。（かなり古い人間です）
このバブルフラッシュは使用しないでください。場合によっては網膜にやけどを負わせるかもしれません。（かなり近接撮影の場合ですが）
現在、フラッシュ付のお手軽カメラでは大丈夫ですが、大型のストロボ（プロ用）では時として連続発光・撮影をすることがありいわゆる『ポケモン効果』を誘発します。
赤ちゃんの目に小さく光る点を入れて撮影するとかわいらしく見えます。部屋を明るくしてストロボONで撮影してみてください。やり方は、カメラの説明書などに書いてあります。
気になさることはあまりありませんが、１ｍ程度離して撮影することは心がけてください。
仕事で10ｃｍ程度まで近づけて撮影していますが、今のところ眼科からは異常が出ているとの報告はありません。
あなたの思ったこと、知っていることをここにコメントしてみましょう。