東京巡り。効率良い周り方

東京駅-----山手線　駒込-----南北線　本駒込・・・吉祥寺-----歩いて千代田線　千駄木-----千代田線 乃木坂---歩いて六本木ヒルズ　櫻田神社
都バス六本木----渋谷5分間隔
渋谷　東急田園都市線--------三軒茶屋---東急世田谷線西太子堂------松陰神社前
(三軒茶屋と西太子堂の間は線路がつながっていませんが500mほどの距離です。)
松陰神社前-----三軒茶屋に戻って　再び東急田園都市線に乘ります。
三軒茶屋---------桜新町　　桜神社。
東急田園都市線乘り　渋谷に戻ります。
この最後のふたつを逆にして　
渋谷-------桜新町　桜神社　------三軒茶屋　西太子堂　-----松陰神社-----三軒茶屋に戻らないで下高井戸に
京王線で新宿　　新宿からだと東京駅に中央線で1本。

＃1さんは吉祥寺を武蔵野市のほうと間違えておられるようですので、そこだけですね、修正するのは。

文京区の吉祥寺ですと、東京駅からは地下鉄丸ノ内線の池袋行きで後楽園まで行き、そこで地下鉄南北線の赤羽岩淵行きに乗り換えて、本駒込ですね。
本駒込から三軒茶屋へは、南北線で来たのとは反対側の電車に乗って永田町へ行き、そこで半蔵門線に乗り換えて直通の中央林間行きに乗ればそのまま三軒茶屋へ行けます。

都民でも行き慣れない場所へは乗り換えアプリがないと行けませんので、ヤフーか何かの乗り換えアプリをインストールして最寄りの駅から検索して移動するのが一番確実だと思います。

幕末史跡ってどこを回るかにもよりますけれど、上野の寛永寺くらいは回れるんじゃないかしら。京成上野駅から不忍池の横を通って上野動物園方面に至る公園の辺りは、彰義隊が立て籠もって戦った辺りとなります。
なお、その戦いの弾痕が残る黒門は今は三ノ輪駅に近い円通寺というところに置いてあるので離れてはいますね。

おはようございます。運賃の支払いは、ICカード(Suicaなど)にチャージ（入金して）あればスムーズですが、無ければきっぷを都度買う必要があります。
東京駅から吉祥寺先回りで考えたのですが、この逆順でも構わないと思います。優先順位・天候条件等を加味しながら、どちらを先に回るか考えてみてください。

東京駅1・2番線→（中央線快速）→吉祥寺
吉祥寺駅は通勤快速・快速以下停車駅なので、東京駅で特別快速が停車していた場合は、次の快速列車を待ってください。
吉祥寺→（京王井の頭線急行・各停）→明大前
明大前は急行以下停車駅なので、吉祥寺駅でどの列車に乗車しても大丈夫です。吉祥寺駅で先発する各停と後発の急行がいたら、急行が明大前に先着します。
明大前→（京王線快速・各停）→下高井戸
明大前のホームは相対式なので、ホームによって行先が異なります。京王八王子・高尾山口・橋本方面から快速以下の列車で下高井戸へ向かいます。
下高井戸→（東急世田谷線）→松陰神社前
下高井戸では降りたホームから世田谷線のホームが確認できると思います。
松陰神社前→（東急世田谷線）→三軒茶屋
三軒茶屋→（東急田園都市線準急・各停）→桜新町（桜神宮）
桜新町は準急以下停車駅なので、急行は停車しません。
桜新町→（東急田園都市線）→渋谷（場合により乗換・乗換不要の場合も）→青山一丁目→（都営大江戸線六本木・大門方面）→六本木
六本木駅は日本一深い地下駅として知られていますので、エスカレーターやエレベーターの利用がお勧めです。
六本木→（東京メトロ日比谷線）→霞が関または銀座→（丸の内線）→東京
丸の内線への乗り換えは霞が関か、銀座の両駅でできます。進行方向寄りの乗車なら霞が関、反対方向寄りの乗車なら銀座乗り換えでしょうか。

＞後、時間が有れば、幕末関係の史跡とか回れたら回りたいのですが、回れそうでしょうか？
東京駅に何時着かは分かりませんが、あと1，2件は回れるのではないでしょうか？補足して頂ければ考えてみます。