１、
面倒ではあっても、スクロール非表示の Frameset を Top Page にだけ適用させて、それ以外のスクロールを表示させても良いページに対しては、スクロールを auto にした Frameset を用意して、その Frameset ごと表示を全て入れ替えてしまう。
２、
スクロールを非表示にした Frameset のみを使って、スクロールを表示させたいページは、インラインフレーム <iframe> で表示させる。（NN4.x では未対応となってしまいます）
３、
２と類似しますが、スクロールを表示させたいページを Flash にする。
～等でしょうか・・。
いずれにしても、表示に時間のかかる、重いサイトになりかねませんね。
ちょっと疑問なんですが、ユーザのWebページ表示サイズを、どれぐらいに想定していますか？
例えば、800×600Pixel のSVGAモニタでも収まるサイズで、Top Page を構成する各フレーム内のページを作成しているのでしたら、よほどのことがない限り、スクロールを auto にしていても、スクロールバーは表示されないはずです。
失礼ながら、Top Page の大きさそのものに問題があるのでは？
理想的には、スクロールを auto にした Frameset のHTMLを一つだけ使って、Top Page だけは、表示される各フレーム内のページを、スクロールバーが表示されないぐらいに、小さく押さえたサイズにするのが、一番良いと思いますよ。
お礼
やはりどう解決するにしても手間と時間がかかるのですね。 表示サイズですが、私が1024×768ｐｘで作業しているのでその他のサイズに関してはあまり意識していませんでした。 ＴＯＰに大き目（ぎりぎりフレーム内に入るくらい）の画像を置くのでどうしてもスクロールが表示されてしまうようです。 今回はどうしてもこの画像を使いたかったのでスクロールは妥協して、色を変えて目立たなくし、縦スクロールのみの設定で進めることにしまいした。 色々な方法を教えていただきありがとうございました。 今後役立てさせていただきますね！