タンパク質のX線結晶解析

質問

タンパク質の結晶解析の質問です。
CNSを用いて最適化を進めていますが、一部に自然界に存在しないアミノ酸残基を用いているため、minimizeでどうしてもうまくいきません。このアミノ酸のペプチド結合が定義されていないことが原因と思い、protein.top、protein_rep.param等をいじってみましたが、やはりうまくいきません。
このように、必須アミノ酸以外を用いて計算する場合、どのような手法がありますか？
ご教示の程、よろしくお願いいたします。

回答No.1

HHHAAA_2011

どういうアミノ酸かわからないのでこれが正しいとはいえないかも知れないですが、CNSなりX-PLORで必須アミノ酸以外の残基が入ったタンパク質のminimizeをするのであれば、その残基のトポロジーファイルと、パラメータファイルが必要ですよね。一般的には、ウプサラ大学のHIC-UPから必要なファイルを取ってきて、CNSなりにリガンドとして読み込ませるものだと思いますが、それでもうまくいかないでしょうか？

一応HIC-UPのURLを添付します。
http://xray.bmc.uu.se/hicup/

がんばってください。