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Mp4でUPした方が高画質ですよ。 ニコ動wikiより ニコニコ動画（夏）から一般会員にもH.264が開放されました。 多くの場合FLVより手順が少なく、エンコード速度が速く （VP6はマルチコア非対応のため、マルチコアほど速度差が大きい） FLVより高画質を得やすいため、特にFLVでエンコードする必然性が 分からないという場合にはH.264がおすすめです。 H.264でのエンコードはaviutl_h264を参照して下さい。
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