ジペプチドの立体構造について

質問

ジペプチドの立体構造についてなのですが、大体は立体障害の関係でトランス型で安定するけど、プロリンが入ってる場合、シス型で安定することがあると聞きました。それは何故なのでしょうか？
どなたか解説お願いします・・。

回答No.2

Mr_Spock

アミノ結合はアミド結合の一種ですが、C-Nは単結合ではなく二重結合相当（C=Oの二重結合と共鳴状態）なので自由回転せず-CO=NH-は同一平面上にあり、α炭素（側鎖のつく炭素）は二重結合をはさんでシス配置とトランス配置がありえるけれど、立体障害の関係でシス配置するのが普通だということですね（普通の有機屋はそんな言い方しないものだなんていったら、有機屋さんだって怒るんじゃあ？）。

アミノ基のNと側鎖が環状構造をとるプロリンの手前のアミノ結合では、その特殊な立体構造から、それ以外のアミノ酸の場合ほどシス配置の不安定性が高くないのでシス配置をとる場合がある、というのでは説明になりませんでしょうか。シス配置・トランス配置の安定化エネルギーの実測値から裏付けられていることなんでしょうけれど、なぜそういうエネルギーになるかというのを理論的に計算したり説明したりするのは、よほどの専門分野でもなければ難しいでしょうし、その必要もないでしょう。感覚的には分子模型でもいじってみればわかるかもしれません。
ttp://ja.wikipedia.org/wiki/%E4%BA%8C%E6%AC%A1%E6%A7%8B%E9%80%A0

回答No.1

noname#116453

ペプチドの世界ではシスとかトランスとかいうのですか？
本来は立体配座の問題であり、普通の有機屋はアミドに関してそのような言い方はしないと思いますけどね。

それはともかく、常識的に考えればプロリンのみがアミノ基が第２級ですので、N末端がアシル化されたときにN-H構造を持たないからでしょうね。