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Linuxの動作が遅くなる。MySQLが原因？
Debian4.0をWebサーバとして利用しているのですが、稼動させてしばらくすると動きが非常に遅くなり、コマンド入力にも時間がかかる状況です。 MySQLをkillすると、動作は軽くなるのですが、MySQLを再起動することができなくなり、またshutdownコマンドでPCをリブートできなくなるので電源ボタンで電源OFF/ONしています。 動作が遅い時でもメモリやCPUの使用率には余裕があり、使い切っていませんし、ログを見ても特にエラーは見当たりません。 mysqlcheckでデータベースの確認もしてみましたが特に壊れていないようです。 PCを変更したときにMySQLのバージョンを4から5にあげているのですが、その辺が影響するということはあるのでしょうか。 些細なことでもかまいませんので、考えられる原因、原因特定方法があれば教えてください。よろしくお願いします。
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どなたかご存じの方がおられましたら宜しくご回答をお願い致します。 ＰＨＰからＭｙｓｑｌを呼び出し、データーベースを使用しておりましたが、トラブル（停電でシステムクラッシュ）のため再構築しましたが旨く動きません。 １．ＰＨＰ単体では正常に稼働している。 php.infoが正常表示される。 自作のＰＨＰプログラムも正常に動作している。 ２．ＭｙＳｑｌも単体では正常に稼働しており、コマンドでデータやテ ーブルも表示される。 ３．ＰＨＰから以前はＭｙＳｑｌが接続できていたのに、今は接続不 可。（停電でＬｉｎｕｘシステムが壊れたので、バックアップして おいたバックアップディスクでリカバリーを行った。） ４．Ｌｉｎｕｘのブラウザから、localhostで内部のＨＴＭＬやＰＨＰファイルが「Ｏｂｊｅｃｔ ｎｏｔ ｆｏｕｎｄ Ｅｒｒｏｒ ４０４」でみられない。 ５．Ｍｙｓｑｌサーバー名の「ｌｏｃａｌｈｏｓｔ」が認識できていないように思われる。 ６．# nslookup localhost では、127.0.0.1 は表示される。 ping localhost もＯＫです。 ７．システムが壊れる前は全て正常に稼働していました。 ８．ＰＨＰ，ＭｙＳｑｌその他の設定ファイルは、以前の正常稼働時の設定ファイルを使用している。 以上細々と書きましたが宜しくお願い致します。
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補足
ご回答ありがとうございます。 下記が補足情報となります。 (1)shutdownコマンドを入れても何もメッセージは表示されず、shutdownコマンド自体が正常に受け付けられていないようです。 (2)MySQLを使用するツールの動作が極端に遅くなり、正常に動作していないようです。その際はサービスを再起動しようとしてもstopを試みている状態で正常に停止できません。 (3)メモリ、CPUの使用率はvmstatで確認しており、freeの値を見て判断しています。はじめはtopコマンドで確認を試みましたが、動作が遅い為か表示できない状態でした（黒い画面のまま何も表示されません）。 他にも何か必要な情報があれば、確認しますので、引き続きよろしくお願い致します。