スーパートラップの皿の枚数

＞スーパートラップの皿は何枚まで付けられるんでしょう
物理的な取り付け可能枚数の制限はありません。
取り付けネジを長くすれば、何枚でも取り付けられます。
でも、質問の本意は違いますよね？

＞吸気系はノーマルのままです
出力に与える影響という要因を考えると、制限が生じます。
吸気系がノーマルということならば、スーパートラップの取扱説明書もしくは販売店の推奨する枚数が、取り付け可能枚数となります。

＞エアクリーナーも変えようかと思っているので
セッティングは誰が出すのですか。
すでにデータのある組み合わせならば、変えても効果が上がる可能性があります。
すなわち、現在使っているスーパートラップの「バッフル板」（正式名称です）の指定が明記されている、エアクリーナーを使うなら出力が上がるかもしてません。

＞何かいいアドバイスとかあったら
ここまでは一般論です。
実際の話をしましょう。
ＶＲＸ４００に限った話ではありませんが、このようなチューンナップを部分的に行っても、効果がない場合が多い。
体感的な、「サウンド」、「鼓動（振動）」、「乗り心地」は確実に変わりますが、「性能」が上がるわけではありません。

シングルやツインエンジンを持つ市販バイク（改造車も含む）が出場する有名なレースが、各地で開かれます。
私も、チーム・ポッシュというところに籍を置いて、参戦していましたが、
セッティングで悩みました。
レースで勝つためには、改造したいが、改造するとセッティングを自分でやらなければならない。
セッティングのわかっている改造は皆が採用するので、さらにその上を行く改造に迫られていたからです。

ＶＲＸでレースに参戦するつもりがあるのかどうかわかりませんが、バイクを改造するということは、「セッティングを変更する」ということと同じです。
レースはその未知の領域に入り込むという典型的な例になりますが、
同様に、セッティングデータの示されない改造をするということは、レースの世界の改造と同じ事をすることになります。
このような改造をした場合は、「トライ・アンド・エラー」の繰り返しで「見つける」作業になります。
この作業を「面白い」と思うか「大変だ」と思うかは、個人の主観の問題ですので、お任せしますが、
「困難を伴うがやり始めれば大変面白い作業である」
と言っておきましょう。

ワンポイントアドバイスとしては、チューーンナップは「体感チューンナップ」にとどめたほうが、気軽にバイクと付き合えます。
「性能チューンナップ」はのめり込みたい時に挑戦しましょう。
『ノーマルのセッティングを侮るなかれ！』・・・です。