>大気圏内を飛行する場合には、MS形態で飛行するのでしょうか？
宇宙世紀のMSはミノフスキークラフトの小型化がされるまでは単独での飛行は出来ません。
ゼータなどの「飛んでるように見えるシーン」はあくまで「ジャンプ」です。
設定上はクスィーガンダムとペーネロペー（いずれも小説「閃光のハサウェイ」に登場）が単独飛行できる物としては最初になるはずです。
>それとも、Gクルーザー形態で飛行するのでしょうか？
ということで無理。
そもそも大気圏外仕様ですし。
>ガンダムSEEDのフリーダムとSガンダムは…
曰く「モビルスーツの性能の違いが、戦力の決定的差でないことを、教えてやる！」
曰く「小僧、自分の力で勝ったのではないぞ。そのモビルスーツの性能のおかげだということを忘れるな！」
要するに比較自体がナンセンス。
あなたの思ったこと、知っていることをここにコメントしてみましょう。