QSARについて

質問

定量的構造活性相関解析について質問です。

これを学んでいて思ったことなんですが、QSARの変数はどうやって決めるのですか？

たとえば、Alanineなら、

アミノ基

カルボキシル基

メチル基

があります。
これを定量化するにはどうするのですか？

もっと言えば、二重結合の位置の違いとかはどのように定量化するのでしょう？

化合物の構造式を当てはめればこのような定量化を行ってくれるソフトウェアは存在するのでしょうか？ちなみに定量化できる変数は全部でいくつあるのでしょうか？

いろいろ質問してしまってすいません。

よろしくお願いします。

回答No.2

microso

各官能基については官能基数（すなわち整数）で表現することが多いです。
二重結合の位置情報は直接数値化することが困難だと思いますが、SP2炭素間の立体的な距離の平均値とかトポロジー的な距離の平均値とか分子をフラグメント化したときに各フラグメントに含まれる2重結合の数とか、様々な形で関連情報の数値化が試みられます。
分子の体積や表面積、脂溶性、分子量なども立派なQSAR記述子（descriptor)です。
これらの数値情報を構造情報から算出するには専用のソフトウエアを使用することが多いですが、例えばweb上で構造を入力して答えを返してくれるようなsiteもあります。
descriptorの数は一般的なものでも数千種類に及びます。
descriptorの変形や同士の演算によって新たなdescriptorが創出されることを考えると、その総数は無限に近いかもしれません。
ただし、無意味なカス情報がほとんどですので、このなかからどのようにして意味のある情報を抽出するかが重要となってきます。

回答No.1

ankh00

化合物の構造式を数値化する方法は非常にたくさんあって、よく「ディスクリプタ」と呼ばれます．計算ができるソフトウェアもいろいろな種類のものが出回っています．ほとんどの場合、ソフトウェアを使用して数値化を行うのが普通ですね．ただし、数値化の種類が非常に多いので、ソフトウェアによって、計算できるものとできないものがあります．