ファイルが存在しないか・・・Windowsを起動できません

質問

ViPowER Super RACK 3.5インチHDラック VP-10KPFU-133にHDを装着し、OSのクリーンインストール
セットアップ終了→再起動→[次のファイルが存在しないかまたは壊れているため、
Windowsを起動できませんでした：＜Windows root>\system32\ntoskrnl.exe.
上記のファイルをインストールし直してください。]と表示され、起動できません。
別のHDで同様の作業をすると正常にインストール出来、起動できます。
問題のあったHDを上記のケースを使いスレーブで使用すると正常に動作します、
また同HDをマザーから直接マスターにつなぐと正常にWindowsを起動できます、
OS：Windows　XP　HOME　SP3(ソフトnliteにて改造)
問題のあったHD：Seagate　Barracuda ATA IV 80021　(ST380021A 80GB)
正常動作HD：Seagate　Barracuda 7200.7 Plus 160023　(ST3160023A 160GB)
インストールには同一のCDを使用、ケースは外観上コネクターをフラットケーブルと
配線パターンだけの基盤を使い、繋いであるだけのようです
原因、改善方法等、教えてください。

回答No.1

FC3Skai

マイクロソフトのサポートで見つけたのですが参考になりますか？

参考URL：

http://support.microsoft.com/kb/882569/ja

補足

ご回答ありがとうございます。
問題のあったHDのファイル（\ntoskrnl.exe.）を正常に動作したHDの同ファイルと入れ替え、上記のケースにいれ接続しましたところ、正常に動作しました、ご回答の方法でも解決できたと思います。
ただ、次回のクリーンインストールのとき同じエラーが発生し、同様の作業が必要に・・・なぜなのでしょうか？？？？？