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変数に格納できる最大サイズは？
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「返って来るレコード数が多すぎて、MySQLからPHPに受け渡す為のファイルに全件を保存出来ませんでした」って事です。 返って来るレコード数が多すぎてエラーになるなら SQLのselect文に「LIMIT 60000,60000」とか指定して、エラーにならない件数までに抑えて少しづつ処理するしかないのでは？
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