３７～３８巻で黒の組織の事件は
第３７巻
Ｆｉｌｅ８ 「白い雪…黒い影…」
Ｆｉｌｅ９ 「危険なめぐり逢い」
Ｆｉｌｅ１０「同乗者」
第３８巻
Ｆｉｌｅ１１「新兵器！」
です。
システムエンジニアの板倉氏の殺人事件を無事解決したコナンは、警察の取調べに協力するために現場に残った小五郎と別れ、蘭と二人してすっかり雪景色に変わってしまった夜の街中を歩いて事務所まで戻る所だった。
ところがその途中、二人は電話ボックスから出てきた謎の男・赤井秀一とばったり出くわす。そして以前のバスジャック事件のことを思い出したコナンは、赤井秀一に対しある疑惑の目を向けながら雪の降る街中を歩き去っていった。
その一方で毛利探偵事務所に戻ったコナンは、蘭に書置きを残し、すぐさま阿笠博士の家へと向かう。目的はもちろんその日の事件でどさくさに紛れて手に入れた例のシステムエンジニアの板倉氏の日記のフロッピーの中身を調べるためだった。
そして到着するなり、コナンは日記のフロッピーの２年前の３月７日の記述、すなわち板倉氏が黒の組織の一員である関西弁の大男のテキーラと接触した時期の記述を詳細に調べ始めた。
ところがいざ日記を調べてみると、日記に隠された秘密のメッセージを読み取ることに成功。その中で板倉氏は、テキーラと接触して以来何者かに監視され続けていたことや、その見えないプレッシャーに耐えかねて自分が開発しているシステムソフトが完成した際にはそれを売り渡すことを承諾する旨のやり取りがあったことなどを記していた。
しかし板倉氏はその後そのシステムソフトの開発を、悩んだ末に「我々人間のために」断念しようと決意。未完成のソフトに彼らからの報酬分の小切手を添えて自分の別荘のＰＣのそばに隠し、自分はソフトの受け渡しの期日と場所を指定するメールが黒の組織の連中から届く前までに何とか海外に逃亡しなければならない、と切実な思いで綴っていたのだった。
日記の日付から、そのソフトの受け渡しの期日と場所を指定するメールが黒の組織の連中から届くのが今から３時間後の午前０時であること知ったコナンは、博士のビートルを駆って板倉氏の別荘があるという群馬へと向かう。
そして到着し別荘の中に潜入することに成功した二人は、彼らからのメールを受け取るもパスワード入力に失敗する。怪しんだウォッカからの電話がかかるが、上手く取引時間を変更することに成功する。
怪しまれつつも何とか黒の組織とのやり取りを無事に切り抜けたコナンたちは、受け渡し場所として指定された都内の東都地下鉄・賢橋駅へ向かうため、その足で群馬から急ぎ東京へと戻ることになる。
その途中、博士の車がパンクし、コナンたちは別件の事件で逃走中の犯人の車に偶然搭乗。その危機を切り抜けたコナンは、無事賢橋駅に到着する。
コナンは指定された取引場所のコインロッカーでウォッカを待ち受けるが、ジンの機転により見つかる寸前まで追い込まれる。辛くも危機を脱したコナンだが、コインロッカー内で酸欠で眠ってしまい、翌日発見されるのだった。
