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treeコマンドでソートできませんか？
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treeコマンドではなく dir コマンドで試してみてください。 たとえば フォルダを e:\myfolder とすればフォルダ内のファイル名でsortする場合は dir /b /n e:\myfolder dir コマンドのヘルプを参照していろいろ応用してみてください。 --- 複雑な条件付きの場合はpowershell が便利です。
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