ＣＧＩを使ったアクセス解析へのアクセス制限の仕方

質問

ＣＧＩ配布サイトさんからお借りしたアクセス解析を設置したのですが、パスワードがかかっているのに、荒らされてしまいました。それぞれのページに設置していたのですが、そのページ設定を全て削除されてしまって・・・
そういう事があったので、アクセス制限をするやり方を調べてやってみました。
現在ＣＧＩサーバーには掲示板やリンク集などが入っています。
アクセス解析を入れているディレクトリの名前で作って、そのフォルダにhtaccessとhtpasswdとを一緒に入れました。（プロバイダの説明はそうなっていました。）
ＣＧＩにアクセスすると、パスワードを求められる様になっていたのでやれやれと安心していたのですが、サイトにアクセスすると、どのページにアクセスしても、ネットワークパスワードを求められてしまいます。キャンセルすると、そのままサイト内に入ることは出来ますが、初めて来た方は、パスワードなんて知らないわと帰ってしまいますよね？
サイトの方にはそれが表示されないようにしたいのですが、どのような設定にしたらいいのでしょうか？
致し方ないので、今はindex.htmlで防御していますが、これも詳しい人には無意味な事なのでしょうか？
尚、初心者ですのであまり専門用語を使われると、理解できないかもしれません。よろしくお願いします。