35mm一眼レフカメラを前提にお話しします。
まず、純正ではないレンズを使ったことが原因で、もしカメラ本体が壊れた場合、保証期間内でも保証対象外になると考えられます。まぁ、こんな事は滅多にないことですが。
ところで、写りよりも、操作や動作などに変化が出ると思います。たとえば、ピントリングの回転方向が逆になっている物もあります。基本的に、純正品は操作性など統一されている物が多く、レンズを付け変えても、体が覚えているので扱いやすいですね。レンズメーカーでも、最近ではレンズメーカーなりに統一しているので、同じメーカの商品ばかりを使うと、結果的には一緒になるかもしれません。
ところで、写りに関してですが、特に、「純正品」「レンズメーカー品」などと肩書きでは、判断できません。どちらの物でも、安い物は安い物なりで、高い物は高い物なりです。
結局は、絞りの羽数とか、レンズの材質やコーティング、色補正の方法など、要は光学系の設計に依存するようです。
以上、経験的なお話しですので、ご参考までに。。。