MAC OSX10.7へのARBインストール

質問

MAC初心者です。
遺伝子解析用のARBを新しく購入したMAC PROにインストールしようとしましたが、OSが新しくなっているためか、インストールができません。
これまで、XーCode,X11,Macports2.3をインストールし、
ターミナルで
sudo port install arb
としたところ、途中で止まってしまいました。
Macportsをインストールした後、方法がわからずパスを切っていないせいかも知れません。
どうぞよろしくお願いいたします。

回答No.13

ki073 · ベストアンサー

エラーメッセージは/Applications/MacPorts/にPythonというファイルが残っている
そのため残りのパッケージがインストールできないとのことのようです。
sudo port -f activate python27
で解決できるはずです。もしそれでもだめだったら/Applications/MacPortsの中身をゴミ箱にすててください。
そのあと
sudo port install arb
でインストールを再開します

お礼

ありがとうございます。
sudo port -f activate python27
sudo port install arb
でインストールを再開できました。

---> Activating psutils @p17_1
---> Cleaning psutils
---> Building groff
---> Staging groff into destroot
Error: Target org.macports.destroot returned: shell command failed (see log for details)
Error: Failed to install groff
Log for groff is at: /opt/local/var/macports/logs/_opt_local_var_macports_sources_rsync.macports.org_release_tarballs_ports_sysutils_groff/groff/main.log
Error: The following dependencies were not installed: xorg-libXaw groff
Error: Status 1 encountered during processing.
To report a bug, see <http://guide.macports.org/#project.tickets>

となり、ウイルスバスターを停止していても、groffのインストールでつまづくところは変わりませんでした。

補足

インストールできました！

https://trac.macports.org/ticket/30244
を見て
sudo port clean groff
sudo port install groff
を行ったらgroff
がインストールできました。

さらにsudo port instal arb
としたところ、最後まで行きました。

多大なご支援をいただき有り難うございました。
大変感謝しております。

回答No.12

ki073

sudo port install groff
と
sudo port -dk install groff
とは途中経過をmain.logだけではなくターミナルに出力すること（main.logには同じように残っているはず）と、コンパイルの後に不要になったファイルを消さずに残すということしか差がありません。また単独でmakeしたときも、やっていることはほとんど変わらないはずです。この3つで全然違うということは不可解ですねえ。

さて、可能性は非常に低いですが、ウイルスバスターが何か悪さをしていることも考えられます。DESCファイルが無いか内容がおかしいというエラーですので、何かの拍子にウイルスバスターが移動させたり消したりしている可能性もゼロとは言えません。とこのように書きながらもDESCがテキストファイルであること、ウイルスバスターから感染しているとのメッセージがないことから、可能性は非常に低い、でも何故なんだろうと思ってしまいます。

一度ウイルスバスター機能を止めてコンパイルしてみませんか？
ウイルスバスターは常駐型のソフトを含んでおり、コンパイル中も常時できたファイルをチェックしています。DESCも対象になっているはずです。ウイルスバスターのマニュアルをみて停止してみてください。インストール中にウイルスバスターが間違ってウイルス感染を検出し、肝心のソフトウエアがインストールできないという事態になることが稀にあるため、必ず方法が書かれているはずです。ウイルスバスターのファイルを移動させるとかゴミ箱に捨てるとかで対応できることではないので、マニュアルで十分やり方を確認してください。

お礼

ki073さんがウイルスバスターを使用されていないのであれば、groffならびにARBがインストールできない要因として考えられますね。
明日、ウイルスバスターを停止し、/opt以下のゴミ箱への移動から試みてみます。

ありがとうございます。

補足

ウイルスバスターをオフにした後、再起動しました。
次に、/opt以下をゴミ箱に捨てました。
以下、
・Macports2.03をインストール
・sudo port selfupdate
・sudo port upgrade installed
・sudo port install arb
としましたが、途中で止まってしまいました。
以下、ターミナルの最後のあたりをコピーいたします。
それ以外のErrorは特に出ておりません。

よろしくお願いいたします。

---> Activating python27 @2.7.2_1
Error: Target org.macports.activate returned: Image error: /Applications/MacPorts/Python 2.7/Build Applet.app/Contents/Info.plist already exists and does not belong to a registered port. Unable to activate port python27. Use 'port -f activate python27' to force the activation.
Error: Failed to install python27
Log for python27 is at: /opt/local/var/macports/logs/_opt_local_var_macports_sources_rsync.macports.org_release_tarballs_ports_lang_python27/python27/main.log
Error: The following dependencies were not installed: glw mesa py27-libxml2 python27 python27 xorg-dri2proto xorg-glproto xorg-libXfixes xorg-fixesproto xorg-libX11 xorg-bigreqsproto xorg-inputproto xorg-kbproto xorg-libXau xorg-libXdmcp xorg-libxcb xorg-libpthread-stubs xorg-xcb-proto xorg-util-macros xorg-xcmiscproto xorg-xextproto xorg-xf86bigfontproto xorg-xtrans xorg-libXi xorg-libXext xorg-libXmu xorg-libXt xorg-libsm xorg-libice openmotif Xft2 fontconfig freetype xrender xorg-renderproto jpeg libpng xbitmaps xorg-libXp xorg-printproto openmotif gsed gv Xaw3d imake xorg-cf-files xpm ghostscript libidn libpaper tiff ghostscript xorg-libXinerama xorg-xineramaproto lynx sablotron spidermonkey nspr xfig transfig netpbm jasper jbigkit xorg-libXaw groff psutils
Error: Status 1 encountered during processing.
To report a bug, see <http://guide.macports.org/#project.tickets>

回答No.11

ki073

私が使っているMac自体がいろいろなものをインストールしていて、はっきり言って何が影響しているかよく分からない状態にあります。
これまでの経験では、Unix系のソフトのインストールで一番エラーが出るのはヘッダファイル(拡張子がhのファイル)が見つからないというものでした。ソフトの実行ファイルはインストールされていてそのソフト自体の実行はできるが、そのソフトを利用する別のソフトをインストールするときにヘッダファイルの情報が必要になり、それが見つからないということがよくありました。今回もこのケースかなと思っていました。でもちょっと違うような感じですね。

groffはghostscriptというソフトを必要としていますので、それが影響しているのかなとも思っていたのです。gsと言うのがその一部です。もう一つ別の場所に存在しているのかなと感じてた訳です。
確認してほしいのですが、
locate gs | grep /gs$
ではどんな結果となりますか？
/opt/local/bin/gs
の一行だけであれば良いのですがどうでしょうか？別の場所にもあるのなら複数行出てきます。
もう一つ
env
と入力した場合に
PATH=の行があるはずです。私のパソコンは
PATH=/opt/local/bin:/opt/local/sbin:/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin:/usr/local/bin:/usr/X11/bin
となっています。最初の3つ/opt/local/bin:/opt/local/sbin:/usr/binはこの順番になっているはずですがどうでしょうか？
/swで始まるものは入っていないですよね。

質問者さんの場合は、まだほとんどソフトウエアのインストールはされいなくて、まっさらに近い状態だと思っていたのですが。
市販のソフトをイントールしても多分影響はないはずですが、フリーのソフトは何かインストールされていますか？
その中にはghostscriptなどのソフトを別の場所にインストールしていて思わぬ影響が出る場合もあります。回避は簡単なのですが、それはないとの前提で進めてきましたが何かインストールされましたか？

研究にMacやLinuxを利用する場合には、いろいろなソフトを組み合わせて使う場合が多いと思います。
arbなどもその1つで、今後他のソフトも必要になってくると思います。その場合にはパッケージ管理ソフト(Macの場合はfinkかMacPorts)で行うのが一般的で、インストールやバージョンアップの管理が非常に簡単になります。ここでがんばっておけば後は楽になるということです。
（ちなみにfinkはインストールされていませんよね、インストールされていたら/swというフォルダが存在するはずです
ls /swでNo such file or directoryと出力されれば問題はありません）

今のところ解決できなければfinkに変更するのはどうかなと考えています。私自身はこちらを使っていますので、多少中身が分かっています。
2年ほど前にMacPortsへの変更を検討したのですが、当時は研究に使えるソフトはfinkの方が圧倒的に多かったのでfinkを使い続けています。これを機会にMacPortsを見たらfinkと同じかそれ以上に充実しているので私自身MacPortsへの乗り換えることも有りかなと思った訳です。
現在finkの10.7対応版ではarbが提供されていないのですが、わりと簡単に使えるようにできるはずですので、さらに手こずるようでしたら近道のように思いますので、こちらも検討してみます。

お礼

こちらのMacでインストールしたパッケージソフトは、ウイルスバスターのみです。
その後は、Xcode、Macportsのみで、その他のソフトはまだインストールしておりません。

Macは職場にありますので、ターミナルでの確認等は月曜日に行います。

色々と考慮いただきありがとうございます。

回答No.10

ki073

結構手こずりますねえ。
ちょっと方針を変えましょうか。コンパイルしたバイナリをインストールできるようですので、違うMacでコンパイル後バイナリを移すというのはいかがでしょうか？

近くに、10.7が入ったMacがもう一台ないでしょうか？もしなければ10.6の入ったMacは？？

お礼

お付き合い下さり、感謝しております。

残念ながら、近くにはMacが一台もありません。

Ki073さんがすでにインストールされたソフトの中で、これをインストールしておいたら、ARBのインストールもうまく行くのでは？というものはありますでしょうか？
それとも、Macを一度まっさらな状態にしてみてはどうか
とも考えています。

回答No.9

ki073

単独でmakeしたときには問題が無く、MacPortsではエラーが出るようですねえ。だいぶ原因が絞れてきました。単独でmakeしたときと同じになるか確認します。
まずは
/opt/local/var/macports/build/
の中に_opt_local_から始まるフォルダがあれば念のため削除してください。
（あっても多分このような名前のフォルダしかなくはず）
次に、ターミナルを起動し直して、ターミナルから
sudo port -dk install groff
とりあえずはgroffだけやってみましょう。-dkはデバッグモードで、作成されたファイルを残すという意味です。
画面にメッセージがいっぱいでますが、その中のに
checking for gs... gs
があるはずです。右の文字がgsになっているか確認してください。
次に/opt/local/var/macports/build/に
最後が_groffになってるフォルダができているはずです。
その中をたどっていくと、groff-1.21というフォルダがあるはずです。
makeのときと同じものです。その中の
font/devhtmlフォルダに同じくDESCというファイルがあって、
image_generator gs
の行があるはずですが、どうでしょうか？
もし、DESCというファイルができていなかったり、不完全なら、エラーメッセージの前にDESCファイルに関してのエラーかwarningとかがないでしょうか。
またターミナルに表示されているエラーもこれまでと同じでしょうか？

ひとつ確認してほしいのですが、
先ほどのgroff-1.21が入っているフォルダの中にもう一つフォルダができていますか？
もしできていれば多分、destrootという名前のはずです。
（たぶんできていないと思っているのですが）
できていればその中をたどっていって、bin, lib, shareフォルダがありますか？フォルダがある場合には、中にファイルはできていますか？
特にbinの中はいっぱいファイルがあるはずです。
どうでしょうか？

追加ですが、
gs --version
としたとき、
9.04
と表示されますか？

お礼

ありがとうございます。

＞font/devhtmlフォルダに同じくDESCというファイルがあって、image_generator gsの行があるはずですが、どうでしょうか？
DESCというファイルがあり、image_generator gsもありました。

>もし、DESCというファイルができていなかったり、不完全なら、エラーメッセージの前にDESCファイルに関してのエラーかwarningとかがないでしょうか。

不完全かどうかというのは何を見れば分かるのでしょうか？

>ターミナルに表示されているエラーもこれまでと同じでしょうか？

Errorは以下の通りです。

/opt/local/var/macports/build/_opt_local_var_macports_sources_rsync.macports.org_release_tarballs_ports_sysutils_groff/groff/work/groff-1.21/src/roff/groff/groff: can't find `DESC' file
/opt/local/var/macports/build/_opt_local_var_macports_sources_rsync.macports.org_release_tarballs_ports_sysutils_groff/groff/work/groff-1.21/src/roff/groff/groff:fatal error: invalid device `html'
make[2]: *** [pic.html] Error 3
make[2]: *** Waiting for unfinished jobs....
Making S

中略

rm -f pdfmark.pdf
中略
M/opt/local/var/macports/build/_opt_local_var_macports_sources_rsync.macports.org_release_tarballs_ports_sysutils_groff/groff/work/groff-1.21/tmac -dpaper=letter -P-pletter -mspdf --stylesheet=./cover.ms pdfmark.ms >pdfmark.pdf
/bin/sh: ./pdfroff: Permission denied
make[2]: *** [pdfmark.pdf] Error 126
cp ./examples/penguin.ps .
make[2]: *** Waiting for unfinished jobs....

中略

Making groff_mom.n from groff_mom.man
for f in hdtbl.tmac hdmisc.tmac; do \
rm -f $f-s; \
sed -f /opt/local/var/macports/build/_opt_local_var_macports_sources_rsync.macports.org_release_tarballs_ports_sysutils_groff/groff/work/groff-1.21/tmac/strip.sed ./$f >$f-s; \
done
chmod +x pdfroff
make[2]: Leaving directory `/opt/local/var/macports/build/_opt_local_var_macports_sources_rsync.macports.org_release_tarballs_ports_sysutils_groff/groff/work/groff-1.21/contrib/pdfmark'
make[1]: *** [contrib/pdfmark] Error 2
make[1]: *** Waiting for unfinished jobs....

中略

listing font `AB'...
make[2]: Leaving directory `/opt/local/var/macports/build/_opt_local_var_macports_sources_rsync.macports.org_release_tarballs_ports_sysutils_groff/groff/work/groff-1.21/doc'
make[1]: *** [doc] Error 2
elapsed time: 0 seconds

中略

make[1]: Leaving directory `/opt/local/var/macports/build/_opt_local_var_macports_sources_rsync.macports.org_release_tarballs_ports_sysutils_groff/groff/work/groff-1.21'
make: *** [all] Error 2

中略

Error: Target org.macports.build returned: shell command failed (see log for details)
DEBUG: Backtrace: shell command failed (see log for details)
while executing

中略

Error: Status 1 encountered during processing.

かなり中略

make[2]: *** [pic.html] Error 3

中略

ake[2]: *** [pdfmark.pdf] Error 126

中略

make[1]: *** [doc] Error 2

中略
make: *** [all] Error 2

中略
Error: Status 1 encountered during processing.

Error: Target org.macports.build returned: shell command failed (see log for details)

make[1]: *** [contrib/pdfmark] Error 2

エラーは全く同じではないようです。

＞先ほどのgroff-1.21が入っているフォルダの中にもう一つフォルダができていますか？
＞もしできていれば多分、destrootという名前のはずです。

いいえ、フォルダはgroff-1.21のみです。

＞gs --version

GPL Ghostscript 9.04 (2011-08-05)

と表示されました。

よろしくお願いいたします。

回答No.8

ki073

全部うまくいっているように思いますが、makeのときのエラーはでていましたか？
でていない可能性が高いのですがどうでしょうか？

もしエラーが出ていないのなら、MacPortsの場合はエラーがでて、単独でmakeした場合には出ない？？

お礼

ありがとうございます。

makeでErrorはでておりません。
その後、もう一度arbのインストールを試みましたが、ターミナルでは以下のように表示されております。

---> Computing dependencies for arb
---> Dependencies to be installed: xorg-libXaw groff
---> Staging groff into destroot
Error: Target org.macports.destroot returned: shell command failed (see log for details)
Error: Failed to install groff
Log for groff is at: /opt/local/var/macports/logs/_opt_local_var_macports_sources_rsync.macports.org_release_tarballs_ports_sysutils_groff/groff/main.log
Error: The following dependencies were not installed: xorg-libXaw groff
Error: Status 1 encountered during processing.
To report a bug, see <http://guide.macports.org/#project.tickets>

よろしくお願いいたします。

回答No.7

ki073

:info:build pre-grohtml:fatal error: devhtml/DESC must set the image_generator field, exiting
が原因のようですね。
pre-grohtmlの行はコンパイラのエラーではなく、pre-grohtmlプログラムのコンパイルは問題なくできているが、実行する段階で致命的なエラーが出ているようです。

まず、ターミナルから
which gs
と入力してください。出力は
/opt/local/bin/gs
となるはずです。次に
port list ghostscript
と入力してください。出力は
ghostscript @9.04 print/ghostscript
となるはずです。
ここまで問題が無ければ、
/opt/local/var/macports/distfiles/groff (Finderのメニュー「移動/フォルダへ移動...」でパスを入れると移動できます)
の中にgroff-1.21.tar.gzが入っているはずです。このファイルをデスクトップにコピーしてください。（ドラッグしただけで多分コピーできます）
それをダブルクリッックしてください。groff-1.21のフォルダができているはずです。
ターミナルで
cd ~/Desktop/groff-1.21
./configure --without-x
(たくさん出力されます、エラーはでないはずです)
出て来たメッセージのなかに
checking for gs... gs
という行があるあるはずですが、...の後にgsではなくnoになっていますか？それとも他の文字が
もしgsでなけらばその行を含めてその下数行（...noでなくなる行まで）教えてください。
ターミナルで
make
(多分エラーが出るはず)
出力が終了したときに
~/Desktop/groff-1.21/font/devhtml
の中にDESCというファイルができているはずです。
その中に（多分最後の行）
image_generator gs
が本来はあるはずです。（エラーの内容からこれがみつからないと）
たくさんありますが、確認してください。
どこかでおかしくなるはずです。

お礼

ありがとうございます。

>もしgsでなけらばその行を含めてその下数行（...noでなくなる行まで）教えてください。

checking for gs... gs
checking for pnmcut... found
checking for pnmcrop... found
checking for pnmtopng... found
checking for psselect... found
checking for pnmtops... found
checking for gawk... no
checking for mawk... no
checking for nawk... no
checking for awk... awk
checking whether pnmtops can handle the -nosetpage option... yes
checking whether we are using the GNU C Library 2.1 or newer... no
configure: creating ./config.status
config.status: creating stamp-h
config.status: creating Makefile
config.status: creating doc/Makefile
config.status: creating src/utils/xtotroff/Makefile
config.status: creating contrib/gdiffmk/tests/runtests
config.status: creating test-groff
config.status: creating src/include/config.h

となっています。

＞make
＞(多分エラーが出るはず)
最後の部分は以下のようになっています。

Making pdfroff.n from pdfroff.man
rm -f gdiffmk; \
sed -e "s|@BINDIR@|/usr/local/bin|g" \
-e "s|@VERSION@|1.21|g" \
-e 1s/a/a/ ./gdiffmk.sh >gdiffmk; \
chmod +x gdiffmk
Making gdiffmk.n from gdiffmk.man
make[2]: Nothing to be done for `all'.

＞DESCというファイルができているはずです。
＞その中に（多分最後の行）
＞image_generator gs
＞が本来はあるはずです。（エラーの内容からこれがみつからないと）

ありました。仰る通りです。以下内容をコピーいたします。

res 240
hor 24
vert 40
unitwidth 10
sizes 1-1000 0
fonts 9 R I B BI CR CI CB CBI S
tcommand
unscaled_charwidths
postpro post-grohtml
prepro pre-grohtml
use_charnames_in_special
pass_filenames
unicode
image_generator gs

よろしくお願いいたします。

回答No.6

ki073

多分sudo port -f uninstall installedで問題はないかと思います。/optを捨ててくださいと言うのは、もし不完全な壊れかけのファイルがあれば念のため削除するというのが目的です。
質問者さんは初心者のようですので、エラー内容を見て解決してくださいと言うのはすぐには無理かなと思ったからです。まず簡単なところからというのが意図です。

エラーの原因で一番可能性の高いのは、何かのファイルが足りないということだと思っています。当方がインストールした2台は、これまでいろいろなソフトをインストールしてきましたので、意識しない間に偶然必要なファイルが全部そろっていたということかも知れません。ANo.5を参考にエラー内容を見てください。

もし近くにLinuxを使っていて、ソフトウエアを自分でインストールしている人がいれば、エラー内容を見てもらうのも良いかもしれません。

お礼

ありがとうございます。
ようやくFinderでファイル構造を見ることができるようになりました。/opt以下を捨て、Macportsを再インストール、Selfupdateを行った後、ARBの再インストールを試みましたが、状況は変わりませんでした。しかし、ご指摘いただいたmail.logを見ることができるようになりました。

Errorが発生していた部分を以下に貼付けました。ここから何かわかることはありますでしょうか？
よろしくお願いいたします。

:info:build -P-nrpb -P-I`basename webpage.ms | sed -e 's|.ms$||'` \
:info:build -P-Dimg -Thtml -ms >webpage.html
:info:build rm -f grap2graph; \
:info:build sed -e "s|@g@||g" \
:info:build -e "s|@VERSION@|1.21|" \
:info:build -e 1s/a/a/ ./grap2graph.sh >grap2graph; \
:info:build chmod +x grap2graph
:info:build pre-grohtml:fatal error: devhtml/DESC must set the image_generator field, exiting
:info:build make[2]: *** [pic.html] Error 1
:info:build make[2]: *** Waiting for unfinished jobs....
:info:build make[2]: *** [webpage.html] Error 1
:info:build Making grap2graph.n from grap2graph.man

中略

:info:build listing font `AB'...
:info:build listing font `AB'...
:info:build make[2]: Leaving directory `/opt/local/var/macports/build/_opt_local_var_macports_sources_rsync.macports.org_release_tarballs_ports_sysutils_groff/groff/work/groff-1.21/contrib/groffer'
:info:build elapsed time: 0 seconds
:info:build elapsed time: 0 seconds
:info:build Thu Sep 29 09:53:40 JST 2011 ***
:info:build make[2]: Leaving directory `/opt/local/var/macports/build/_opt_local_var_macports_sources_rsync.macports.org_release_tarballs_ports_sysutils_groff/groff/work/groff-1.21/doc'
:info:build make[1]: *** [doc] Error 2
:info:build make[1]: *** Waiting for unfinished jobs....

中略

:info:build Thu Sep 29 09:53:47 JST 2011 ***
:info:build make[2]: Leaving directory `/opt/local/var/macports/build/_opt_local_var_macports_sources_rsync.macports.org_release_tarballs_ports_sysutils_groff/groff/work/groff-1.21/contrib/hdtbl'
:info:build make[1]: Leaving directory `/opt/local/var/macports/build/_opt_local_var_macports_sources_rsync.macports.org_release_tarballs_ports_sysutils_groff/groff/work/groff-1.21'
:info:build make: *** [all] Error 2
:info:build make: Leaving directory `/opt/local/var/macports/build/_opt_local_var_macports_sources_rsync.macports.org_release_tarballs_ports_sysutils_groff/groff/work/groff-1.21'
:info:build shell command " cd "/opt/local/var/macports/build/_opt_local_var_macports_sources_rsync.macports.org_release_tarballs_ports_sysutils_groff/groff/work/groff-1.21" && /usr/bin/make -j16 -w all " returned error 2
:error:build Target org.macports.build returned: shell command failed (see log for details)
:debug:build Backtrace: shell command failed (see log for details)
while executing

回答No.5

ki073

このようなソフトを手動でインストールするには普通
./configure
make
sudo make install
の手順をふみます。
最初の命令で、どのようなソフトが既にインストールされていて、どのような手順でコンパイルしていくのかなどコンパイルの前準備をします。
logにはこんな感じで記録されます。(MacPortsの場合は行の始めにinfo:のような文字が付いていたように思います)
checking whether sys_siglist is declared... no
checking whether getc_unlocked is declared... yes
そして最後の方に
config.status: creating stamp-h
config.status: creating Makefile
のようにconfig.status: XXXXXとなります。
この少し後でエラーが出ているのでしたら、重要なファイルが見つからないということがほとんどです。
これを無事通過すると
makeです。ここでコンパイルが実行されますので
gcc xxxxxxxxxxx
g++ xxxxxxxxxxx
のようなメッセージがたくさんでます。
問題があればErrorがでて止まってしまいます。
この場合もxxxx.h not found
みたいにファイルが見つからないということが多いと思います。

もし、/optを捨ててもだめな場合は、エラーの箇所を探して教えてください。Warningは場合によりけりですが、あまり気にしたくてよいと思います。

お礼

ありがとうございます。

恥ずかしながらFinderの使い方が判らず、/opt以下の捨て方がわかりませんでした。

これまでMacportsでARBしかインストールしていないので
sudo port -f uninstall installed
でいったんインストールしたものを削除し、もう一度インストールしてみましたが、結果は同じでした。
今回のインストール時間は、最初に行ったものより早かったので、部分的にしか削除されていなかったのかもしれません。

明日、またトライしてみます。

回答No.4

ki073

今出張中で、今週末まで10.7では確認できません。
しかしながら、たまたま10.6の入っているMacBookを持ってきているので、MacPortsをインストールしてarbを入れてみました。
こちらにも問題なくインストールできました。

メッセージを確認するため
sudo port uninstall xorg-libXaw groff arb
として、
次に
sudo port install arb
としますと、貼付けられているのとほぼ同じメッセージが記録されていました。
貼付けられているのはエラーメッセージではないようです。

logの最後の方にErrorの文字はないですか？（全部小文字のerrorではなく大文字のEで後が小文字のrrorです）
それと、もう少し上に同じくErrorがどこかに記録されていませんか？

MacPortsが作った/optをフォルダごとゴミ箱に捨て
MacPortsからインストールし直した方が早いかもしれません。

お礼

ご出張中にまでお手を煩わせてしまい申し訳ありません。
Errorの確認と、MacPortの再インストールを明朝おこなってみます。

回答No.3

ki073

groffのインスールでエラーが出ているようですね。

メッセージにあるように
/opt/local/var/macports/logs/_opt_local_var_macports_sources_rsync.macports.org_release_tarballs_ports_sysutils_groff/groff/main.log
のエラーを確認ください。

ログの最後にErrorと出ていると思いますが、その原因となるエラーがもう少し前にある可能性もありますので、そちらも確認ください。
もし、対処できないようでしたら、エラーメッセージを教えてください。

改めて確認ですが、
1) 購入したMac Proは最初から10.7でしたか？　10.6からのアップグレードではないですよね。
2) ARBを最初にインストールしたときには、エラーで止まるまで最低でも1時間はかかりましたか？
（依存性のあるパッケージのほとんどがインストール終了しているかの確認）
3) XcodeはApp Storeからインストールしましたよね。Versionは4.1ですよね。

お礼

ありがとうございます。
膨大なログが入っております。冒頭部分を以下貼付けました。
Can't run などというメッセージが出ているので、既に問題があるように思われます。

>改めて確認ですが、
>1) 購入したMac Proは最初から10.7でしたか？　10.6からのアップグレードではないですよね。
>2) ARBを最初にインストールしたときには、エラーで止まるまで最低でも1時間はかかりましたか？
>（依存性のあるパッケージのほとんどがインストール終了しているかの確認）
>3) XcodeはApp Storeからインストールしましたよね。Versionは4.1ですよね。

いずれもその通りです。

よろしくお願いいたします。

version:1
:debug:main changing euid/egid - current euid: 0 - current egid: 0
:debug:main egid changed to: 501
:debug:main euid changed to: 502
:debug:main Executing org.macports.main (groff)
:debug:main Privilege de-escalation not attempted as not running as root.
:debug:main Skipping completed org.macports.archivefetch (groff)
:debug:main Privilege de-escalation not attempted as not running as root.
:debug:main Skipping completed org.macports.fetch (groff)
:debug:main Privilege de-escalation not attempted as not running as root.
:debug:main Skipping completed org.macports.checksum (groff)
:debug:main Privilege de-escalation not attempted as not running as root.
:debug:main Skipping completed org.macports.extract (groff)
:debug:main Privilege de-escalation not attempted as not running as root.
:debug:main Skipping completed org.macports.patch (groff)
:debug:main Privilege de-escalation not attempted as not running as root.
:debug:main Skipping completed org.macports.configure (groff)
:debug:main Privilege de-escalation not attempted as not running as root.
:debug:main Skipping completed org.macports.build (groff)
:debug:main Privilege de-escalation not attempted as not running as root.
:debug:destroot destroot phase started at Mon Sep 26 14:49:07 JST 2011
:notice:destroot ---> Staging groff into destroot
:debug:destroot Can't run destroot under sudo without elevated privileges (due to mtree).
:debug:destroot Run destroot without sudo to avoid root privileges.
:debug:destroot Going to escalate privileges back to root.
:debug:destroot euid changed to: 0. egid changed to: 0.
:info:destroot . missing (directory not created: File exists)
:info:destroot ./Applications missing (directory not created: File exists)
:info:destroot ./Developer missing (directory not created: File exists)
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