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思いついただけですので聞き流してください。Perl言語でSJIS文字列を扱うと文字コードの一部が制御コードとみなされて文字化けすることがあります。最初に保存されたCSVを「秀丸」等、保存時に文字エンコード種類を指定できるエディターに読み込んで、MySQLがサポートするコードで再保存してみては如何でしょう？
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