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ryumuの回答
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ryumuです。 自分の実験＆学生の指導＆ボスのreview作成のお手伝いでちょっと忙しくなってきて、返事が遅れました。 MiJunさん、とりあえず慶応大の論文を読みました。 このグループは、ランダム-＞αヘリックス-＞βシートという二次構造転移を提唱していますね。ただ、中間構造としてのαヘリックスにこだわる必要はないと思いますね。 ランダム -＞ βシート αヘリックス -＞ βシート であっても良いと思います。 ランダムからβシートは、分子同士の衝突の起こり方で割と転移し易いような気がします。というのも、ランダムコイルでは特定の水素結合による安定化がないため、 ランダムコイル状態の分子同士の衝突 -＞ 分子同士の絡み合い -＞ 分子間水素結合形成（βシート？） ということもあり得るのではないでしょうか？ 一方、αヘリックス -＞ βシートでは以前にも書いたように 分子内水素結合の切断 -＞ アミド二面角の変化 -＞ 分子間水素結合形成 を経由するはずなので、むしろ私にはこちらの経路に中間構造が存在するような気がします。 ただ、これらの構造情報を明確に得るのは現在では困難です。 というのも測定法の問題（観測できる試料の条件や観測時間など）と試料の構造の不均一性の問題の両方が絡んでますからね。 それから、以前の回答でランダム-＞ヘリックスという転移が聞いたことがありますが、その逆は余り聞いたことがない・・・と書いたのですが、バクテリオロドプシンという膜蛋白質では、pHを下げると膜から出ているＣ末端側ペプチドの一部が、 αヘリックス -＞ ランダムコイル に変わるという論文がありました（これは可逆的な変化でpHを中性にすると再びヘリックスが形成される）。しかし、その機構については、荷電性残基の荷電状態の変化に起因するだろうという示唆を与えていましたが、明確にはなっていなかったです。 ただ、これを見て、 αヘリックス ＜-＞ ランダムコイル という平衡は結構存在しているのではないかと思いました。 こういうデータも余り多くないので一般的かどうかは分からないのですが・・・・ ＞上記の本によると、ＤＮＡ以外で「Double helix」構造をとるのは、「ＰＨＦ」との記載があります。 ＞他のProteinあるいはPeptideでは例がないのでしょうか？ グラミシジンＡというイオンチャンネルでDouble helix構造を提唱しているグループがいます。そもそもグラミシジンＡは二量体でチャンネルを形成しているのですが、ヘリックス様構造（βヘリックス）の二つのペプチドが、膜の上下に位置して膜に穴を開けているという説と、Double helix構造で膜を貫通する穴を作るという説があります。結晶構造と実際の膜中での構造が同じかどうかが不明であるために現在も議論されているはずです。 akiyamaharukaさん ＞なんか下手な説明ですがよろしいでしょうか？ akiyamaharukaさんの説明とPNE増刊号とでかなり分かってきました。 切断箇所によって異なるアミロイド形成能が異なるのが興味深いですね。 みなさん、 ＞＞種々の疾病は「生体の異物処理機構，防御機構」の制御ミス（？）に因るところが大きいと思っています。 なるほど。アクセルとブレーキの微妙な釣り合いですな。 いやはや、やはり生物はすごいですね。 生物系で学位を取っておりながら、生物についてあまりにも無知なのがお恥ずかしい・・・（汗） sonorinさん、 ＞私自身、現職を今年度いっぱいで辞めて、全く違う分野の免許を取得すべく受験勉強に励んでいるため、 そうですか。私は今度は、アミロイド系の研究をしたいと思い始めました（笑）。
- noname#53364
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補足
ryumuさん、 >とりあえず慶応大の論文を読みました。 ご多忙中に申し訳ありません！！ だんだんとハマッテいく自分を感じつつ・・・。 >中間構造としてのαヘリックスにこだわる必要はないと思いますね。 #12のakiyamaharukaさんの補足に書いた「クモの糸」と比較すると、 Aβの場合は、「クモの糸」の紡糸過程のような外部（？）からの力は 作用しないでしょうから・・・？ >平衡は結構存在しているのではないかと思いました。 αヘリックスもその構成アミノ酸によって、エネルギー状態は相当変化 するのでしょうかね？ αヘリックスとβシートでのエネルギー差が少ない場合は、平衡状態の ような状態をとりうるのでしょうかね・・・・？？？ （ちょっと意味不明？） >グラミシジンＡ この例も面白そうですね！ このものは分子量は大きいのでしょうか？ >私は今度は、アミロイド系の研究をしたいと思い始めました（笑）。 ryumuさん、 今の研究課題に行きつまりを感じているのでは・・・・（笑）。 ⇒失礼しました（ペコ！）