有給休暇と代休について
はじめまして。よろしくお願いします。
題名に書きましたが、有給休暇についてです。
当方の会社は土日祝祭日が会社の休日です。
有給休暇は最大40日まで繰り越され、それ以上は消滅します。
会社の休日に出社した場合、土曜は1.25、日曜、祝祭日は1.4（おそらく？）倍の計算で
休日手当が給与に反映されます。（日給1万ので、土曜12,500,祝祭日14,000)
ある月に仕事が忙しく、連休、土日に出勤を計５日しました。
給与に休日出勤5日 \68,500
翌月体調を崩し、5日間平日に会社を休みました。
給料明細を見ると、代休5日 \-50,000 （分かりやすく日給1万としました）
となっており、給与から差し引かれていました。
経理に問い合わせると、「先月休日出勤を100％支払っているから、
代休をとった場合、休日出勤の差額を引いた金額を返してもらう。しかし3カ月以上代休を取らなかった場合、それ以後に休んだ分は有休を消化できる。」との回答でした。
（１）会社の意向で有給休暇をとらせずに代休を優先して消化させることはできるのでしょうか？
（２）労使協定で上記のような給与体制を強制することはできるのでしょうか？
当方、会社は小中規模で労働組合はありません。
書面で協定（？）を労働者の代表者が会社が交わしているようです。
以上、わかる方、お願い致します。
お礼
我が社は日曜日が法定休日なので、時間外労働（３６時間）が４時間となりますね。詳しく回答頂き、ありがとうございました。