なぜだかわかりませんが私も経験があります。
同じライブの映像とCDがあり、VHSで録画したものがモノラル音声だったのでPCに取り込み、CDの音をかぶせたのですが、やはり、最初は合っているのですが、５０分後には２,３秒ずれました。取り込むときのテープ回転ムラだとおもいます。
そんなとき、１曲ずつ区切り、地道に音と映像をシンクロさせる作業を行い何とか見れるようになりました。１曲ずつ編集を行い、出来上がったものをTMPGEnc MPEG EDITOR3を使用し、結合すればそんなに画質は悪くなりません。TMPGEnc4.0ですべてのクリップを結合するにしてもさほど画質の劣化は気になりません。ただ、MPEG EDITOR3より時間はかかりますが。
４分ぐらいの映像でも合わなくなる場合がありますので、これも地道に途中の映像を間引いて(カット編集)なんとか音声と映像がシンクロするようにしました。かなり満足のいくものに仕上がりました。
最近は、音声の悪い映像とCDの音をかぶせた編集をよくしています。オリジナルのプロモーションビデオが出来、満足しています。映像で歌っているときの口とCDの音楽を合わせるのが大変です。
映像と音声の時間を細かく指定すれば、最初と最後が合うような機能があればいいのですが。
#この作業のためにPCのスペックが徐々に上がっていきました。
Pen4 1.6→3.06(HT)→penD930→xeonx3350(Q9450相当)
なにせ、エンコードにはえらい時間がかかりますので・・・
当方もTMPGEnc4.0を使用しております。
補足
すみません。 TMPGEnc Authoring Works になります。