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源泉徴収について
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>差額を税務署で支払ってもらえるのでしょうか？ 何の差額でしょうか？乙欄によって過徴収になっているであろう源泉所得税の還付額のことでしょうか？それでしたら、税務署から直接本人に還付されます。あるいは、徴収不足による追徴税額のことでしたら、これも本人が税務署に支払います（実際は納付書をもって郵便局や銀行でも納付できますし、口座引き落としもできます。また名古屋国税局管内なら電子納付も可能です）。 乙欄から甲欄になっても、その差額は何も気にすることなく、年末時点で甲欄給料ですから年末調整で調整されてしまいます。
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本来は甲欄で徴収すべきなのに、乙欄で徴収していた場合は、年末調整で過不足が清算されますから、本人が確定申告をする必要がありません。 また、医療費控除など確定申告をしても、甲欄と乙欄との差額は、年末調整で清算されていますから、その為の過不足は無く、医療費控除に相当する分だけ還付されます。 もし、会社で年末調整をしていない場合は、本人が確定申告をすれば、甲欄と乙欄との差額は清算されて、税務署から還付されます。 最初乙欄でとっていて，途中から甲欄に変更する場合、年末調整で清算されますから、年末調整の時までそのままにしておきます。
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こんばんは。 とても丁寧な回答，ありがとうございました。
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こんばんは。 とても丁寧な回答ありがとうございました。