合成ペプチド？ リコンビナント？

質問

畜産系の研究室に所属するM1のものです。ニワトリにおける、とある細胞内因子の局在を調べるため、ポリクローナル抗体を作製したいのですが、抗原をどうするかで悩んでいます。今考えているのが合成ペプチド（sigmaに依頼、配列候補を調べてくれるらしい）とリコンビナントタンパク質（大腸菌で発現）です。私の研究室には現在先輩はおらず、教授陣に聞いても、自分で調べてくれというスタイルであてになりません。幸い隣の研究室には詳しい人がいます。
合成ペプチドとリコンビナントタンパク質を比較して、どちらのほうが有用な抗体が作製できる確率が高いか、ご教授ください。

回答No.1

jkpawapuro · ベストアンサー

動物は専攻ではないので間違いがあれば失礼。

一般的にはリコンビナントでしょう。
合成ペプチドでは生物による修飾を受けないので、立体構造が違う可能性があります。
抗体が作用する部分の立体構造が違うと、抗体が別のものになってしまい働きません。
そして細胞で発現させるにも、より進化論的に近い生物の培養系のほうが、同じ立体構造をとる可能性は高いわけです。
人インスリンが大腸菌（原核細胞）発現では機能を持たず、酵母発現（真核細胞）では機能を持つのは有名ですよね。

楽でしょうから資金が潤沢な研究室ならいきなりシグマに注文出して使ってみるのもいいですが、どちらが有用な抗体が作成できる確率が高いかと聞かれれば、リコンビナントです。

お礼

ありがとうございます。立体構造は大事なのですね。
たしかにリコンビナントのほうが元のタンパク質に近いものができ、エピトープも多いんだろうと思いますが、隣の研究室で話を聞いたところ、リコンビナントでは、すべての過程をいれると成功率はよくて50%(人による？)だそうです。
その過程には新たにプライマーの設計、大腸菌への導入、制限酵素処理等、複雑な工程があるそうで、大変不安になりました。
なので、もう少し考えてみます。

回答No.2

jkpawapuro

その辺の技術にまだ習熟してないのであれば、とりあえずいきなりシグマから合成ペプチド買って試してもいいと思いますよ。
リコンビナント作るときはどこをターゲットにすべきか特徴的なドメインを配列からよく調べる必要があります。
隣の研究室の方に相談できるなら、プライマー注文の前に一度相談しましょう。

お礼

ありがとうございます。リコンビナントで抗原を作ることにしました。
一応プライマーの設計ができたので、注文しました。
隣の研究室で大腸菌やらベクターを貸してくれるそうなので、挑戦してみます。