>どうしてナイナイプラスは最終回になってしまったのでしょうか？
物にせよ人にせよ番組にせよ、始まりがあれば終りがあるってモンです。…と言った所で何の慰めにもなりませんので、「（考え得る限りで）“99＋”が終了に至った理由」を挙げていきたいと思います。但し、放送関係者でも何でもないタダのOKWaveユーザーの私見である上に、あくまで憶測の範囲内ですので、どう解釈されるかは質問者さんに任せます。
【１.視聴率が低迷、若しくは伸び悩んだ為】：火曜日の23:58～深0:29の枠で放送されてましたが、競合する裏番組といえば何と言ってもテレ朝の“ぷっすま”であり、「“ぷっすま”の牙城を崩せなかったが為に終了」―という可能性が考えられます。
【２.経費節減の為】：昨今の放送業界はどこもかしこも「経費節減」に躍起になっています。ナイナイ級の芸能人ともなると、それ相応のギャラ・視聴率・広告料etcとなってしまいますので、「ナイナイより安上がりな芸能人で、何とか番組を作れないか？」―という事で終ってしまった可能性が考えられます。
【３.本人たちの意向、円満終了説、その他】：上記2つ以外ですと、「ナイナイ本人たちの意向により終了」、「スタッフと合意の上、このタイミングで終了するに至った」、「マンネリを理由に、テコ入れより終らせる方を選んだ」等々…。
>あらたにナイナイの深夜番組は始まらないでしょうか？
深夜ではありませんが、4月4日（日）の夜19:00から2時間、ナイナイがMCの単発特番がテレ朝系にて放送されます。
