1 個人的に作った動画だと作成時に動画のフレームの欠落などが発生して、作成ソフト以外で再生や別ソフトで再エンコードすると音ずれが発生することが有るようです。
2 cpuの処理速度やドライブの転送速度が遅いとそのようになることが有るようです。
3 音声のサンプリング周波数を変換していたり、プレーヤー側で対応していないと音ずれする事があるようです。
1の場合は元データの問題なのでキャプチャーし直ししかないと思います。
2は再生プレーヤーの推奨環境にパソコンが対応しているか。
外付けドライブならusb2.0での接続になっているかのチェック。
divxやH.264等の高圧縮動画ならvlcやmedia player classicなどの軽い再生ソフトに変えてみるとかでしょうか。
高解像度高圧縮の動画ならソフトの問題よりもパソコンの処理速度の問題のように思います。
3ならサンプリングレートが元と同じになるように再エンコードでしょうか。
ストリーミングだと通信、再生環境が配信元の推奨環境(ぎりぎりだと厳しいと思いますので)より上かどうかチェックが必要だと思います。
どのようなファイルの時にずれるのかが明記されていないので、思いつくのはこれくらいしか有りません。
市販のdvdなどでもずれるのなら機器の問題のように思います。