• ベストアンサー

タンパク質データベースの利用法(立体構造・画像)

タイトルの文字数制限が25字以内なので,妙なタイトルですみません。 よくものの本などにタンパク質の立体構造の画像などが掲載されていることがあります。 おそらくタンパク質データベースなどを利用して表示されているのではないかと思いますが,データベースの利用法が分かりません。たとえば http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein を例にした場合,どのように操作していくか教えていただけますか。  任意のタンパク質を取り上げ,任意の方角から見たタンパク質の立体構造を表示・保存したいのですが。  周りに詳しい人間がいないので困っています。どうぞよろしくお願いします。

質問者が選んだベストアンサー

  • ベストアンサー
  • ki073
  • ベストアンサー率77% (491/634)
回答No.1

リンクされているサイトからもPDBデータを取得できますが、こちらからの方が便利なように思います。 http://pdbj.org/index_j.html 表示したいタンパクを検索して、「3次元構造ビューア」のリンクをクリックすると簡単な表示ができます。 きれいな表示をするには、「PDBをファイルをダウンロード」し、PDBを立体表示するソフトウエアで読み込みます。 私自身はVMDを主に使っています。かなり細かい指定がでます。 http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 他には rasmol http://rasmol.org やiMol(Mac専用) http://www.pirx.com/iMol/index.shtml などがあります。下2つはお手軽に表示するときには便利です。 他のもありますので、検索してみてください。

peppereater
質問者

お礼

早速お返事いただきありがとうございます。 非常に参考になりました。今後ともよろしくお願いいたします。

関連するQ&A

  • 1回で吸収できるたんぱく質の上限について

    1回で吸収できるたんぱく質の上限について 1回で吸収できるたんぱく質の上限は何グラムなんでしょう? 調べていたら1回につき20グラムという論文が出てきました。 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19056590?ordinalpos=10&itool=EntrezSystem2.PEntrez.Pubmed.Pubmed_ResultsPanel.Pubmed_DefaultReportPanel.Pubmed_RVDocSum これだと、体重×3グラムを摂取(吸収)させるのは厳しくなりませんか? 体重80Kgだと240グラムになるので、1日3回プロテインを摂取するとして60グラムのこり180グラムを食事で摂取ってなっちゃいます。 詳しい方教えてください。 よろしくお願いします。

  • たんぱく質の立体構造を描くソフト

    下記の条件を満たす,たんぱく質の立体構造を描くソフトを探しています. (PDBファイルを用いて作成できれば助かります) (1)C末,N末が表示できる. (2)α1,α2,,,β1,B2,,,が表示できる (3)結合(疎水性相互作用,水素結合,イオン結合,S-S結合) が表示できる (1)(2)(3)すべてを満たすソフトは難しいかもしれません. (1)(2)(3)いずれかを満たすソフトを教えて頂ければ幸いです. よろしくお願いいたします.

  • chaperone-like-activityの意味

    ヒートショックプロテインの論文を読んでいるのですが、chaperone-like-activityの意味がわかりません。このタンパク質がどういう働きをするということなのでしょうか。 以下が論文のサイトです。 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=pubmed&dopt=Abstract&list_uids=15879560&query_hl=1

  • タンパク質のドメイン構造検索について

    あるタンパク質のドメイン構造を調べたいと思っています。 配列を打ち込んで予測されるドメイン構造を表示させるサイトではなく、 あらかじめデータベースとして、このタンパク質ならこのドメイン構造がある、と登録されているサイトを探しています。 アミノ酸配列のここからここまでが、Aというドメインである。 というような見やすいサイトはないでしょうか?? 何でもいいので情報があればお教えください。お願いします。

  • 短い配列のホモロジー検索

    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/Blast.cgi 上記のBLASTサイトでタンパク質のアミノ酸配列のホモロジー検索をしています。 たとえば、15アミノ酸くらいの短い配列をいれて、相同配列を探したいのですが、 長い配列(たとえばひとつのタンパク全長)をいれると相同性のある配列がたくさん検索されて来ますが、 15アミノ酸くらいの短い配列をいれても100%マッチするものしか出て来ません。 短い配列に対して相同性のある配列を出すには、どこの設定をどう動かせばいいのでしょうか?

  • 再度特定のURLに接続出来なく困っております

    特定のURL具体的には’https://www.ncbi.nlm.nih.gov’(PubMed)に二三日前から突然接続出来なくなり、大変困っております。URLのアドレスの変更などを考え、2,3他の場所に行き接続を試みましたが、いずれの場所でも接続出来ました。他のURLには試みた限りにおいて、正常に接続出来ます。パソコンはNECのWindows8.1で、インターネットはInternet Explorer11(更新バージョン:11.0.41)で、NECおよびウイルスバスターに問い合わせて、検討しても改善しません。正常であった時への復元を試みましたが、改善しませんでした。 どうすれば良いのかご教授をお願い致します。 コメントで インターネットオプション→コンテンツ→オートコンプリートの設定→パスワードの管理で’https://www.ncbi.nlm.nih.gov’の項目を見たら2項目あり、これらを削除したら接続出来るようになりました。どこに問題があったから不明ですが、一応は解決出来たかもしれません。 と書きましたら次の朝には再び接続が出来なくなり、以前同様画面に 「このページは表示できません •Web アドレス http://www.ncbi.nlm.nih.gov が正しいか確かめてください。 •検索エンジンでそのページを探してください。 •数分待ってから、ページを最新の情報に更新してください。」 と表示されます。認証関係ではじかれているのかとも思いましたが、どうもそうではないようです。大変困っておりますので、どなたかお助け下さい。

  • 遺伝子側とタンパク質側、双方からのタンパク質の構造決定について、抗原抗体反応を利用した分析方法について

    テストで次の内容が出たのですが、答えられませんでした。気になって夜も眠れません。回答お願いします。 問)現在では、誰でもWeb上から各種データベースにアクセスしてタンパク質をコードする遺伝子の塩基配列を基にしたタンパク質の一次構造を比較的容易に推定できる。しかしながら、タンパク質そのものを生体から単離して構造決定することは非常に重要である。なぜ、遺伝子側だけでなく、タンパク質側からも構造決定する必要があるのか?理由を述べなさい。 問)抗原抗体反応を利用した様々な分析は、生命科学研究で欠くことができないほど重要である。抗体を利用した分析方法を挙げ、原理を簡単に説明しなさい。

  • タンパク質のドメイン検索

    タンパク質の各ドメインのアミノ酸配列を得るにはどのツールを使えばいいのでしょうか? 「ある既知のタンパク質の、ドメインごとに立体構造予測を行え」とあるのですが、SWISS-MODELで予測させるためにはどうしてもアミノ酸配列が必要です。NCBIなどでの検索結果のどこかにドメインごとに表示させるものでもあるのでしょうか? バイオインフォマティクスは初心者なものでとんちんかんな質問をしているかもしれませんが、どなたかご教授をお願いいたします。

  • 検索サイトの検索結果ページをお気に入りに登録したい

    こんにちは。お世話になります。 学術文献検索サイトのPubmed http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/ でキーワードサーチした結果をお気に入りに登録してすぐに呼び出す ことは可能でしょうか? 右クリックサーチ君を使って、検索結果のページで「このフレームだけを表示」を試してみても 検索結果は表示されませんでした。 このようなサイトの検索結果ページのURLを知る方法はないのでしょうか? よろしくお願いいたします

  • 構造体の中身をデータベースにコピーする方法がわかりません。

     タイトルにも書いてありますが、 構造体の中身をmysqlで作成したデータベースに 書き込んでいく方法がわからなく、困っております。  PHPやODBCはまったく使い方がわからないので、 C言語のみでアクセスする方法をググってみたところ、 c apiというものがあることはわかりました。 しかし、capiを使ったサンプル自体が極端に少なく、 サンプルの内容もデータベースにアクセスして、テーブル内の 内容を表示するというものがほとんどでした。  変数の値をデータベースに書き込む、というだけのサンプルだけでもいいので、どなたか教えてくださればありがたいです。  もしくは、構造体の中身はcsvファイルとしてすべて書き出しているんですが、このcsvファイルをmysqlで直接読み込んでいったほうが早いのでしょうか?  よろしくお願いいたします。