MALDI質量分析で糖鎖の量を比較

質問

分子量数万のタンパク質全体に結合した糖鎖の量を比較したいのですが，MALDI-TOFで分析できないかと考えています。グリコシド結合は，タンパク質のほかの共有結合と比較して分解されやすいものでしょうか。それとも理論的にグリコシド結合は，通常のMALDI－TOFでは分解されることはないのでしょうか。何か実験で条件検討をしないと，実際より小さい分子量の糖鎖データとなりますか。質量分析に詳しい方，教えてください。

回答No.1

dolphino · ベストアンサー

糖鎖の受託解析などがWebで沢山ありますので、是非ご覧になってください。

今回のご質問の何が制限かによってアドバイスが変わるのですが、「MALDI-TOFで消化していないタンパク質を測定し、サンプルごとにm/zから糖鎖の量を比較したい」という質問でよろしいでしょうか。

まず、MALDIによる糖鎖の分解は気にしなくていいと思います。

分子量数万というのは答えにくく、2万ぐらいだと結構良い分解能ですが、それ以上は糖鎖の大きさを比較できるか？というほどブロードなピークになってきます。糖鎖の状態がそれぞれに均一な別のサンプルを比較するなら分子量で何か言えますが、糖鎖自体が複数の構成(もしかしたら糖鎖が付いている箇所も複数)という状況だとそれぞれがピークとして分離するほどの分解能が得られない可能性があります。装置の目的分子量の領域での分解能の情報を手に入れてください。

MALDI-TOFは定量が一番弱いところではないでしょうか。複数の成分を分子量ごとにピークの高さから量比を知りたい場合、それぞれの分子のイオン化効率が同じであることが大前提ですが、糖鎖の数が違えば、難しいでしょう。それ以前にMALDIで定量ということ自体、難しいです。

ぺプチダーゼ処理後のサンプルでESIの方が何かといいですが目的に合うかどうかは分かりません。

お礼

現在，疾患モデルマウスと野生型マウスのあるタンパク質の糖修飾の違いを検討しています。電気泳動での移動度に違いがあり，125kDaまで測れるというMALDIで分析を頼んだところ，確かにブロードなピークが得られたのですが，予想したよりも全体の分子量分布の差が小さかったので，イオン化するときに糖が分解した可能性を考えました。分解は気にしなくてよい程度ということであれば，少なくともモデルマウス由来のタンパク質によけいに糖がついていることはMSからも確かなようなので，ペプチドを少しずつ短くして，どこの側鎖についている糖に違いがあるか検討したいと思います。ありがとうございました。