遺伝子多型解析

質問

あるCYPで代謝される薬の副作用とCYPの多型との関連性について統計解析を行っています。今までは、副作用の有無とgenotype頻度【w/w,w/m,m/m】との関係を解析してきましたが、次にallele頻度【p(w),q(m)】との関連性についても検討するように言われました。確かに、ペーパーなどを見ても、genotypeとalleleの両方で検討している例が多いように思われますが、何故allele頻度でも検討しなければいけないのかいまいちよくわかりません。勉強不足で申し訳ありませんがどなたか助言していただければ幸いです。宜しくお願い致します。

回答No.2

geneticist12 · ベストアンサー

集団遺伝学の知識があれば自明なのでしょうが、それを伝授するには、大学の講義で最低半年は必要でしょうし、私自身も精通しているわけではありません。やっぱり、ご自分で、教科書を読んで勉強してもらうのに越したことはないと思いますが、ヒントだけ。

1．diploidの遺伝子型を個別にタイプわけすると、alleleが3種類あるとして6通り、4種類あるとして10通りのタイプになります。同様の10遺伝子座についてタイピングしようとするとその組み合わせは、それぞれ3の10乗（約6千万）、10の10乗（100億）通りとなって、現実的な数字ではないし、各タイプに含まれるサンプル数も少なくなってしまい、統計学的解析ができなくなってしまいます。

2．どんなalleleでも生化学的、分子レベルでみると共優性（co-dominant)です。allele Aとallele aヘテロ接合体の表現型がAになるからAが優性であるという例を考えてみましょう。このとき表現型がAだというのは、ある観察者がある観察方法で（たとえば目で見て）A/AとA/aが区別できないからAが優性だといっているだけで、観察方法、分析方法を変えれば、両者は区別できます。たとえば、遺伝子産物をしらべれば、Aタイプとaタイプの両方が出ているとか、aがnull alleleなら、A/Aに比べてA/aは、産物の量が半分しないとかです。見た目で評価するような表現型ではなく、生化学的な表現型などに関しては、遺伝子座の遺伝子型や優性劣性より、どんなalleleを持っているかというほうが重要です。

3．ある表現型に関して、多数の遺伝子が影響している場合（量的遺伝形質）、一遺伝子座のalleleの優劣や遺伝子型より、関係する多数の遺伝子座のハプロタイプを見たほうが、表現型と遺伝子の相関が良くあわられます。

回答No.3

geneticist12

No. 2の訂正

誤）それぞれ3の10乗（約6千万）
正）それぞれ6の10乗（約6千万）

お礼

詳しいご説明有難うございます。集団遺伝学は本当に奥が深いので、geneticistさんのヒントと色々な参考書を見て自分なりに勉強してみようと思います。ハプロタイプ解析はこれから行ってみようかと現在検討中です。
お礼が遅くなりまして申し訳ございませんでした。

回答No.1

quoi

アリル頻度解析はgenotypeの頻度と同義なように思うのですが。

もし、扱っている表現型が、巷に大文字、小文字のにタイプしかなくて且つ一遺伝子雑種であるとすると、genotypeの頻度とアレル頻度は同じ解析だとおもいます。

yukanchさんの質問では、genotypeにW/mの両型があったので(連鎖解析の場合は、共優性マーカーでなければ、優性遺伝子あるいは優性マーカーなので、「あるなし」解析になります)。

しかし、CYPは複対立アリルであること、ゲノム中に遺伝子が多いので、個人的には、アリル頻度解析なのかなぁと思います。単一遺伝子形質だとしても、一つの遺伝子の中に何カ所もSNPがある場合に、それなりの集団でSNPのアリル頻度解析をすれば、その遺伝子のどの塩基が効いているかまで理論上同定ができます。

最近できたサイトですが、www.bio-concierge.comなどでは、特にこういう研究者同士の会話ができるみたいなので一度試してみるといいかもしれません。

参考URL：

http://www.bio-concierge.com/

お礼

詳しい回答有難うございます。納得できました。私的には、Hardy-Weinberg平衡が成り立っているかどうかの相関解析が必要だからかなと考えてみたりしていました。教えてくださったサイトも是非活用してみようと思います。