• ベストアンサー

遺伝子多型解析について

CYPの遺伝子多型と医薬品による肝障害との関連性について研究しています。いくつかの多型領域を遺伝子診断し、その後genotype頻度と肝障害の有無との関連性を統計解析したところ、どの領域においても有意差はえられませんでしたが、allele頻度で解析してみたところ、有意差が得られたものがありました。しかし、なぜgenotype頻度とallele頻度での解析とで結果が異なるのかいまいちよくわかりません。どなたか助言宜しくお願い致します。

質問者が選んだベストアンサー

  • ベストアンサー
回答No.1

genotype頻度とallele頻度をどのような定義で使われているか、具体的に書いていただけるといいのですが、、、 ある遺伝子座の二倍体遺伝子型がいろいろある中で、ある特定のalleleがあると、相同遺伝子座のalleleが何であろうとも、着目している表現形に対して陽性である傾向があるということでしたら、そのalleleが部分優性であるということではないでしょうか。 また、個々の遺伝子座の遺伝子型でスコアを取っても明確な傾向がないけれど、複数の遺伝子座である特定のalleleが組み合わさったときに陽性になるということでしたら、連鎖不平衡のケースだと思われます。 いずれも、集団遺伝学で言うところの、量的遺伝形質、epistasisのケースであると思います。その手の解説書を当たってみてはいかがでしょうか。

yukachance
質問者

お礼

詳しい説明をして頂きまして有難うございます。今回のケースからみると、連鎖不平衡の可能性が考えられる気がしました。量的遺伝形質、epistasisの解説書を探して勉強してみようと思います。

関連するQ&A

  • 医療統計解析について

    私はCYPの遺伝子多型に関する研究をしています。具体的に言うと、CYPの多型とある薬の副作用である肝障害との関連性を製薬会社と共同研究しています。現在までにその薬を服用していた患者(100例以上)のゲノムDNAを用いて、CYPの発現量等に関連があると疑われる多型領域を標的としてgenotypingし、その結果をもと に統計解析を行っている次第です。 現在は、genotypeと肝障害の有無を解析していますが、今後はallele頻度でも解析をしてほしいとの要望があり、試行錯誤しております。allele頻度で解析する場合はgenotypeで解析する場合とどのように違ってくるのか、もし何かアドバイスなどございましたら宜しくお願い致します。

  • 遺伝子多型解析

    あるCYPで代謝される薬の副作用とCYPの多型との関連性について統計解析を行っています。今までは、副作用の有無とgenotype頻度【w/w,w/m,m/m】との関係を解析してきましたが、次にallele頻度【p(w),q(m)】との関連性についても検討するように言われました。確かに、ペーパーなどを見ても、genotypeとalleleの両方で検討している例が多いように思われますが、何故allele頻度でも検討しなければいけないのかいまいちよくわかりません。勉強不足で申し訳ありませんがどなたか助言していただければ幸いです。宜しくお願い致します。

  • 遺伝子解析

    肥満関連の遺伝子(β3ARやUCP1など)の解析を行っています。自分が集めたサンプルの結果と、日本人での結果を比較したいのですが、その結果(情報)はどのようにすれば見ることができるのでしょうか??また、他の遺伝子についての日本人での多型頻度やアレル頻度を知りたいのですが…。 PubMed等を見ているのですが、検索の方法が悪いためかうまく見つけることができません。どなたかご存知の方よろしくお願いします。

  • 多型マーカーについて

    申し訳ないですが訂正をさせていただきたく再投稿させていただきました。不快に思われる方がいらしたら申し訳ございません。 多型マーカーを使ってある劣性遺伝の病原変異遺伝の遺伝子座を特定するのは、 1.その症患を発症している家族のうち、子供に発症者がいて、両親共にその病原変異遺伝子をヘテロに持っている家族を選定し、 2.特定の多型遺伝子と病原変異遺伝子が分離して遺伝する頻度を調べる。 3.同様の症患の家族でサンプル数を増やし、より正確な組み換え頻度を求めていく 4.遺伝子座の推測 となっている(分子細胞生物学 上巻 H.Lodish氏他 東京化学同人:8章 細胞生物学における遺伝学的解析)ようですが、質問は 1.人間の場合検定交雑が出来ない上に、目的とする病気を発症しているという表現型以外に利用できる手法がないことから発生する疑問なのですが、そもそもどのように遺伝子地図を作るところにたどり着くのかが分かりません。  また、おそらく塩基配列は分かっていてもどこに病原遺伝子があるか分からないという状態かと思うので、4本の相同染色体のどの2本に病原遺伝子があるか分からず、結果4種類あるであろう多型マーカーのどれがそもそも病原遺伝子と一緒にあったかが分から無い気がするのですが、これもどのように遺伝子地図を作るところにたどり着くのかが分からないもとになっています。 2.多型遺伝子はある特定のものと判断できる程の相同性があるのか。つまり、とある二人を採ってきてある特定の多型遺伝子がだいたいこの位置にあると分かるだけの何らかの相同性が見出せなければ位置的根拠になりえないのではないか。ということです。 どなたか答えていただけるとありがたいです。お願いします。

  • 遺伝子多型研究のサンプル数・評価について

    現在、ある遺伝子多型について、健常者と罹患者との比較で、ある疾患の発症危険度との関連を調べています。 (1)サンプル数について疑問に思っているのですが、このような研究の時、健常者・罹患者それぞれ何例くらいと設定するのが妥当と考えますか?  現在のところ、それぞれ40検体くらい集まっていますが、不足でしょうか。 (2)発症しているかどうかの診断基準について、医師による診断名が付いているかどうかではなく、その疾患の治療薬が処方されているかどうか、という基準で罹患しているかどうかとみなすのは困難でしょうか。

  • 2値データの解析方法について

    2値データの解析方法について 統計初心者です。 主観評価を2件法で答えてもらい、条件間で有意差があるかないかを調べるとき、どういった方法があるのでしょうか。 spssを使って解析するつもりです。 どなたかよろしくお願いします。

  • 遺伝子の発現について。

    遺伝子の発現について。 まだ研究して間もない者です。癌に関連する遺伝子の発現について解析を行っています。 mRNA・タンパクレベルで正常組織に比較して癌組織での発現が亢進していました。 しかし免染と臨床指標との相関で、腫瘍の進行、浸潤が進むと発現が小さくなる傾向を示していました。 つまり、正常よりも癌では有意に発現が上がりますが、癌の中では進行とともにタンパクの発現が弱くなっていました。 論文を検索しても、同様な傾向を示す遺伝子は確認できず、研究が上手くいっていないのかと頭を悩ませています。 つきましては、このような傾向が起こりうるのか、また他の遺伝子でそのような傾向を示している論文をご存じの方がいらっしゃいましたら、ご教示いただけますと幸いです。 よろしくお願い申し上げます。

  • 単変量解析から多変量解析時の因子の絞り込み

    統計に関して全くの素人です。 教えていただきたい点は、ある病気の予後に関して関係があると予想した因子A,B,C,D,E,Fに関して単変量解析をしたら、A,B,Cが有意と考えられた場合、次に多変量解析を行う場合は、A,B,C,D,E,Fのすべての因子で解析して判断すべきでしょうか?それとも関連がありそうなA,B,Cによるモデルで解析するべきでしょうか? また、一般に単変量解析で関連がなかった因子が多変量解析では有意となることはないのでしょうか? 以上よろしくお願いします。

  • 百分率の統計解析について

    百分率の値を従属変数として平均値,標準偏差を 比較し,統計解析しようと考えています. そのままの値を用いて解析を行ってよいのでしょうか? あるいは何かに換算する必要があるのでしょうか? よろしくご教授ください. ex) グループ1:12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17% グループ2:34%, 35%, 36%, 37%, 38%, 39% の2群に有意差はあるのか? といった場合を想定しています.

  • 平均値の解析法について どの検定法を用いるか

    先日、以下のような質問をして… 「統計分析の初心者です。 データがあってもどの方法で解析をすればよいのか途方にくれています。 経年的に追跡しているデータで、平均値まで出しています。 平均値は低いほど良い結果です。 1年目、2年目、3年目と3回分のデータがあるのですが、1年目よりも2年目、2年目よりも3年目、1年目よりも3年目の方が良い結果が出ている(平均値が低くなっている)ことを統計的に解析したいと思っています。 どのような方法があるのか、たくさんあるかもしれませんが、教えていただけませんでしょうか? これからのためにも、なぜそれが良いのかも知りたいと思っています。」 そして回答者さまから、標準偏差について親切に教えていただきました。 早速、標準偏差を出してみました。 すると、またお聞きしたいことがでてきましたので、どなたか教えていただけませんでしょうか? 1年目のデータと2年目のデータの標準偏差を比較すると、2年目の方が小さくなりました。 これは、ある介入がこのデータに有意な影響を与えていると言えるのでしょうか? 有意差ありと。 2年目のデータと3年目のデータの標準偏差を比較すると、3年目の方が大きくなっていました。 これは、有意差が得られなかったとなりますでしょうか? このように、平均値は小さくなったが、標準偏差は大きくなっていたものに関しては、平均値が小さくなったのは、たまたま偶然そうなっただけというのをお聞きしました。 このように、たまたま偶然そうなっただけというものを、何とか有意差ありと言えるように解析するものはないものでしょうか…? また、これとはまた別の話になるかもしれませんが、よく聞くt検定やカイ二乗検定、マンホイットニーU検定などをこのような研究に使用するとすると、どのように活用すれば良いのでしょうか? 男女や年齢がわかっているのと、得られたデータの値の高い群と低い群を分ける明確なラインがわかっています。 的外れな質問だったら申し訳ありません! 周りに相談できる方がいないので、もしよろしければご回答いただけませんでしょうか? よろしくお願いいたします。