#2です。
質問主旨の理解を間違ったようですね。
Thunderbird ver3.0 beta3上でのフォルダ(Gmailのいうラベル)の扱いは、Gmailのアカウントを二つ持っていますが、個々のアカウント毎の送受信トレイが使用できて、個々のアカウントに、子フォルダ→孫フォルダなどいくらでも作成できますから、問題はありません。
子フォルダの数→孫フォルダ数のツリーをどう名前を付けて分類するかだと思います。
+ボタンで作成したフォルダ含めすべてのトレイを隠すことも出来ますからフォルダペインも短くできて、かつ、フィルターで未読メールを孫フォルダに振り分けても、サイドバーのフォルダペインの表示方法(5種類)に「未読フォルダ」がありますから、切り替えたら未読メールのある同列のフォルダとして確認できます。
しかも、表示はタブブラウザのように個々のメールやトレイをタブで表示できます。
Gmailを利用されているのでしたらThuderbird3.0を注目していてください。
Ver2.0は、アカウントの追加ダイアログにGmailのPOPアカウントの設定は既にデフォルトで用意されていますが、Ver3.0ではGmailのIMAPアカウントの設定も追加されました。
お礼
ありがとうございます。参考になりました。