cDNAのSNP解析

質問

cDNAのSNP解析という日本特有の研究があり、莫大な予算がかけられています。
始めた当初はともかく、ジャンク遺伝子に意味が見出されている現在の生物学において、
cDNAに限定してSNPを解析するというのは、非効率なように思うのですが、如何でしょうか？

回答No.3

popporu

ANo.2さんのおっしゃることと近いですが。
cDNAを解析するのは、SNPが遺伝子機能に与える影響を予測しやすいというメリットがあると思います。特にアミノ酸置換による蛋白質の構造の変化。予測ができれば、実験的証明が格段にしやすいですし。統計学的に病気などのフェノタイプと相関するSNPはやりようによってはたくさん見つかりますが、そのほとんどが擬陽性なので、実験的証明が重要だと思います。ジャンク領域のSNPはその実験的証明が極めて困難です。まずジャンク領域が機能を持っていることを証明してから、SNPがその機能にどのうような影響を与えているかを考えなければならないので。

全く違ったアプローチとして、ジャンク領域のSNPも遺伝マーカーとして使うには非常に有用ですが、そういった研究でジャンク領域のSNPとフェノタイプが相関していても、最終的にはそのジャンク領域のSNPと、比較的距離が近いところの遺伝子(普通にタンパクを作るもの)領域内のSNPが強く連鎖していてそれが原因であるという報告がほとんど全てだと思います。今のところはですが。

あと日本でcDNAをやるのは、cDNAライブラリに関しては日本の得意分野らしく、これまでの多くの蓄積を生かせば効率よく成果が出せるということなのではないでしょうか。

回答No.2

Chicago243

まずcDNAになる領域以外でSNPを解析した時、SNPがある領域の役割を見いだせますか?そう考えるとそのやり方は非効率ではないかという疑問を感じませんか?
cDNA以外の領域でSNPが重要な役割をしている可能せいを否定していませんが、転写されない領域がされる領域よりかなり長いことなど考えるとSNPのあるなしを問うだけの解析は無駄も多いだろうとおもいます。病気との関連性などでこのような領域(intron promoter)でのSNP解析は日本に限らす全世界で進められています。

回答No.1

MIYD

ジャンクDNAではなくて、ジャンク遺伝子(非翻訳遺伝子)についての質問でいいのですよね。

cDNAのSNPs解析は少なくともカナダでも行われていました。
(規模を問わなければ、世界中で行われていると思いますが‥)

非翻訳遺伝子がcDNAライブラリーに混入することは不可避です(転写されていれば)。
ジャンク遺伝子に機能があるという前提であれば、
それが混入したcDNAライブラリー中のSNPs解析は意味があると考えていいのではないでしょうか。

それとも、ジャンクDNA(非転写領域)についても解析すべきではないかという質問でしょうか。

ゲノム全体の約3%と言われているcDNA中のORFにおけるSNPsで、
さらにアミノ酸置換を起こすものを優先的に解析することは、

その約33倍のサイズの、
どのORFの転写や、他の機能に関しているか分からない配列を解析するよりも効率的だと思いますが‥

ジャンク遺伝子で意味があるものとは、
何を指しているのでしょうか。

補足

遅くなってすいません。
ジャンク遺伝子ではなくジャンクＤＮＡです。
遺伝子配列の変異は淘汰圧により起こりにくくなるので、多様性を解析するのには遺伝子以外のほうが適切ではないかと思うのですが如何でしょうか？