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エクソンの境目について
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目的のものと類似のタンパクがあり、それについて遺伝子の構造がわかっていれば、対応する場所でスプライスされている場合が多い(ほとんど?)と思います。 また、機能の異なるドメインは別のエクソンに由来することが多いので、それらの境界あたりにスプライス部位がある可能性が高いでしょう。ドメイン構造はSMART(参考URL)などで調べられます。 もしこの情報が必要な理由が、RT-PCRのプライマーをイントロンをはさんでつくりたいからでしたら、上の方法などで適当にあたりをつけて作ったプライマーでcDNAとゲノムDNAをテンプレートとしてPCRをかけてみて、ゲノムDNAからはcDNAの時と同じ長さの産物ができなければOKです。
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