• 締切済み

相同性って・・

今、細菌の遺伝子配列を読んで相同性検索を行っています。 そのときに推定タンパク質も表示されますが、大体どのくらい相同性があれば似たような機能のたんぱくであると推定できるでしょうか?? よくわからないのでよろしくお願いします・・・

みんなの回答

noname#9462
noname#9462
回答No.1

相同性の数値の高低も重要ですが、どういうところが似ているかも重要です。 機能ドメインを持っているとか、特定の遺伝子を特徴づけるドメインが似ている、といったことが、その遺伝子の機能を配列から推測するのに役立つでしょう。 似てそうな遺伝子いくつかとアライメントをとったり、ドメイン検索してみては?

関連するQ&A

  • DNA塩基配列の「相同性」?

    ある生物のある遺伝子のDNA塩基配列があり、既知の生物種の配列と「99%以上の確率で相同性を示した」(ので同じ生物種か極めて近縁の種である)と書いてある場合、具体的にはどのような計算をしているのでしょうか? 例えば、長さ900塩基のうち、調べたい配列と既知の配列が892個は一致していたとします。この場合は99.1%の一致率(同一性?)ですが、「相同性」ということとは違いますか?文献をみていると、塩基が99.1%で一致していたことを「塩基配列で99.1%のホモロジーであった」と書いてあるものがあったのですが、ホモロジー・相同性とはそういう用語なのでしょうか?「相同性は質的性質(ある/なし)である」という説明も見たことがあって、そうすると単純なパーセンテージで示せないと思うのですが…。 よろしくお願いします。

  • 相同性を調べる方法

    生物系の研究室に配属された4年生です。 何分初心者のため、頓珍漢なことを言っているかもしれませんが、それも含めてご教授いただけると助かります。 今、マウスのP450遺伝子の相同性について調べたいと思っています。 リアルタイムPCRで、あるP450の発現量を調べたくているのですが、設計したプライマーが、絶対にその特定のP450の配列を認識しているかどうかって分からないと思うんです。だってP450には分子種が多くあるし、サブファミリーはあるし…。 なのでそれらP450の相同性を一度調べてみようとなったのですが、どのようにして調べたらいいのかよく分かりません。 相同性を調べるツールとしてBLASTというものがあるのは知っているのですが、それで調べるとしたら何が必要ですか?またそれはどのようにして手に入れたらいいのでしょうか?

  • 短い配列のホモロジー検索

    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/Blast.cgi 上記のBLASTサイトでタンパク質のアミノ酸配列のホモロジー検索をしています。 たとえば、15アミノ酸くらいの短い配列をいれて、相同配列を探したいのですが、 長い配列(たとえばひとつのタンパク全長)をいれると相同性のある配列がたくさん検索されて来ますが、 15アミノ酸くらいの短い配列をいれても100%マッチするものしか出て来ません。 短い配列に対して相同性のある配列を出すには、どこの設定をどう動かせばいいのでしょうか?

  • 相同組換えに必要な配列の長さってどのくらい必要なのでしょうか?

    ふと思ったのですが、 相同組換えがおこるのに最低限必要な相同配列の長さって 一体どの位なのでしょうか? 今まであまり気にしてなかったのですが、 やはりある程度の長さは必要だろうと思いまして・・・

  • 細菌の酵素遺伝子の解析について

     私は現在卒業研究で最近の酵素遺伝子の構造解析(要はクローニングしたい)をしていますがなかなか目的の遺伝子が引っかかりません。  現状はたんぱく質のN末端解析により20アミノ酸が同定されそこから推定される塩基配列を様々なプライマーでPCRをかけて60塩基を決定しました。そして他の細菌の同じ酵素のアミノ酸配列からコンセンス配列もいくつか見つけPCR しても遺伝子はひっかかりません。制限酵素で切ったりもしていますがうまくいきません。  遺伝子解析にあたってアドバイスをお願いします。  あとその酵素タンパクの抗体は得られているのですが、抗体をプローブとして解析を進めると聞いたことがあるのですがサザンのことなんでしょうか?でもあれは DNAプローブですよね?うーんよくわかりません。  ヒトゲノムが解明される時代に細菌の遺伝子一つくらい数日、数週間あれば解析できるということを聞きましたが本当でしょうか?そんな研究期間ではどのように解析しているのでしょうか?

  • 遺伝子の構造解析

     あるターゲットとする遺伝子のクローニングをして配列決定できたとして、果たしてそれが本当にターゲットとする遺伝子なのか?どうやって確かめられるのですか? 私が考えたのは 1精製しているタンパクのシークエンスと照らし合わせる 2近種の同じ遺伝子との相同性で見る  3発現ベクターで発現させる しかし、1も2も100%それで正しいと言えるかというとそうではないと思うし3では時間がかかりすぎると思うのです。きっとなにかあっそんなことか~とわかる理由があると思います。どなたかアドバイスください。  

  • 塩基配列の相同性の計算方法について

    こんにちは。 いま、卒業研究でウイルスゲノムの塩基配列の相同性を比較するという作業をしています。 ウイルス20株間すべての相同性を出したいのです。 いまは、Genetyxで一つ一つ計算しているのですが、とても手間がかかります。 一度に、多数の株間の相同性を計算してくれるようなフリーソフトをご存じでしたら教えていただけませんか? よろしくお願いいたします。

  • タンパク質の構造決定

    現在、タンパク質をコードする遺伝子の配列を基にして、タンパク質 の1次構造が比較的容易に推定できます。でも、タンパク質そのものを生体から単離して構造決定することも盛んに行われています。どうして遺伝子側だけでなくタンパク質側からも構造決定する必要があるのですか?

  • 遺伝子組換えによるタンパク質発現

    現在,タンパク質を遺伝子組換えにより,発現させたいと考えています.目的の遺伝子のORFの前に分泌シグナルを付加させ,分泌性タンパクを発現させたいと思います.宿主は酵母を用い,相同組換えにより発現させたいのですが,一般的に相同組換えによる分泌タンパクの発現量はどのくらい期待できるのでしょうか?相同組換え初心者ですので,経験者の方よろしくお願いします.

  • プロモーター領域

    ある既知のタンパク質遺伝子のプロモーター領域の配列を知りたいというときにはどのように検索すればよろしいのでしょうか。 タンパク質そのものの配列までは調べられたのですが…その後がよくわからなくて。