DNA抽出

質問

DNA抽出に関して
DNA抽出の実験を行ったのですが、今回はいつもと違いフェノールを混和後に上澄みを取る際に、どうしても上澄みを半分程度吸い取っただけで、下にあるタンパク質？（白だったり黒だったりの塊は全てタンパクだと考えてよいのでしょうか？）がチップに吸い込まれてしまいました。今までずっと同じ方法でやってきたのですが、これだけタンパク質がゆるかったことは初めてです。操作ミスの可能性は低いと思います。
また、その中の1.2個だけはいつもの様に回収できたサンプルもありました。

いつもと様子が異なっていた点は、上澄みのDNAがものすごくネバネバとしていたことです。いつもならチューブの中で切れるのですが、今日はチップ捨てまで伸びてきました。

フェノールの後もエーテルで処理するのですが、その際もいつも以上にDNAがネバネバしていました。

今日の実験では何が悪かったのでしょうか？
DNAの状態にもよるのでしょうか？

何か心あたりのある方いましたら教えてください。

また、今回の抽出ではサンプルによっては確実にタンパク質（白のかたまり）を吸い取ってしまったと思います。
その場合だと、その後の実験（PCRだったり、制限酵素処理だったりと）悪影響で実験が上手くいかないことになるのですか？

回答No.1

hiddenleaf · ベストアンサー

抽出細胞数が多くDNA濃度が高くなると、上清が白濁するという経験はありました。
上清がネバネバするということはありませんでしたが・・。
4℃で操作をしているかと思いますが、室温で放置すると透明になったりしませんか？
経験上、気にせず進めても問題無いことが多かったです。
細胞数を半分にすれば解決する問題かもしれません。
ご参考までに。

お礼

回答ありがとうございます、試料の量が多かったのでしょうか、量を変えてみたりいろいろと試してみたいと思います。

補足

試料の量を減らしてみたところこのようなことが起こらなくなったようです。
回答ありがとうございました。

回答No.3

yuklamho

"魚のヒレです。何度かピペッティングしてとりなおしたのですが、それでも何回もタンパクがゆるすぎてチップに入ってきてしまいました(+。+)"

試料の含まれている水層のボリュームを増やして（2倍？）、ピペットのチップの先を切って（切り口を広くして）丁寧に回収するのはどうでしょうか？タンパクが入るとPCRや制限酵素処理の後に電気泳動するとスメアーになることがあるので混入は出来るだけ避けたいですね。制限酵素処理して遺伝子のタイピングするとかでしたらゲノムは調製中に切れない方が良いですが、PCRする分にはゲノムが少々ブチ切れても問題ないので1mLのシリンジに23Gの針を付けて試料を何回か通す（ピペッティング）してやればだいぶ粘性は落ちる（ゲノムはずたずたになる）と思います。

ただ、ヒレだとプロテオグリカンも含まれていて粘性があるのかもしれませんね。魚のヒレは扱ったことないのでよく解りません。すみません。

お礼

回答ありがとうございます。普段からカットしたチップを使用しています。今回はそれでも上手くいかなかったので(+。+)
なるほど、試料の含まれる水層を増やすというのは１つの解決策の可能性がありますね。うまくいかなければ他にも色々と試してみたいと思います。ありがとうございます(_ _)

回答No.2

yuklamho

ゲノムのDNAでしょ。試料が何で、DNAを調製した後何をしたいのか具体的に書いてないので何とも言えませんが、ゲノムDNAが少々切れても構わないのならよくピペッティングして抽出しなおせばよいのでは。

お礼

魚のヒレです。何度かピペッティングしてとりなおしたのですが、それでも何回もタンパクがゆるすぎてチップに入ってきてしまいました(+。+)
回答ありがとうございます。