• 締切済み

SDS-PAGEについて

SDS-PAGEの結果分子量が本来得られる結果よりも大きく出てしまう場合については知っているのですが、逆に小さく出てしまうことはあるのですか?また原因は何ですか?

みんなの回答

  • stringf35
  • ベストアンサー率66% (69/104)
回答No.2

配列内で切断を受ける場合にも小さく出ますね。 リン酸化などの翻訳後修飾は一般的には大きく出ますが、 小さく出るケースもあったと思います。 分子量の大きいタンパク質では、SDS中でも完全に伸長した 構造をとらないので、小さめに出ることがあります。

  • otx
  • ベストアンサー率44% (256/576)
回答No.1

タンパク質を構成するアミノ酸によっては、あり得ます。 SDSは疎水性のアミノ酸に結合しますので、疎水性アミノ酸を多く含んだタンパク質であればあり得ます。 もともとSDS-PAGEでは思った分子量にこないことが良くあります。 抗体のデータシートや同じものを見た論文も参考にするとどうなのかよくわかると思います。

関連するQ&A

  • SDS-PAGEにおける分子量のズレ

    計算上の分子量に対して、SDS-PAGEを行った結果、数kDaのズレが出てしまいました。計算に対して、SDS-PAGE上では分子量が小さくでました。この場合、原因としてどのような事が考えられますでしょうあか?よろしくお願い致します。

  • SDS-PAGEのマーカー

    SDSーPAGEの分子量マーカーが曲がって出てきてしまうのですが、原因は何が考えられますか?? この分子量マーカーは、Amershamというところの「LMW Calibration Kit For SDS Electrophoresis」というものを使用しています。 ゲルは12.5%のもので、電圧は20Aで電気泳動を行ってます。

  • SDS-PAGEについて

    大学の実験でやったSDS-PAGEのレポートを書くんですが、タンパク質の分子量と泳動度を使いグラフを作る課題があるんですが、kDというのが分子量だとは思うのですが泳動度をどのように求めたら良いのかがわかりません。参考書に比移動度というのがあり、分子量の対数に逆比例する。と書かれているものがあったのですが、これと泳動度は同じものなのでしょうか?この実験には分子量マーカーと成分のわからないタンパクを使ったのですが、マーカーを使いグラフを書くんでしょうか?生物系はまったく判らないのでよろしくお願いします。

  • SDS-PAGEについて

    タンパク電気泳動の際、SDSを加えることにより、もともとの電荷(プラスやらマイナスやらタンパク独自が保有していた電荷)をマイナスに帯電させますよね。そして電流を流し、アクリルアミドゲル中で分子ふるいにかけ分子量ごとに分離させるんですよね。 そこで質問ですが、タンパクの分子量に関わらず結合するSDS量というのは一定なのでしょうか。 現在就職活動中で先日技術面接時に、「タンパクの分子量によって結合するSDSの量も変わるの?」って聞かれて「はい」って答えたら、「違う量のSDS結合したらそれだけで流れ方変わってくるでしょうが。同じ量のSDSが結合して、そして分子ふるいにかけるんだよ」って叱られました(笑) 自分で調べたうちではタンパク1gに対しSDS1.4gが結合するという記載もあったので、タンパク分子量によりSDS結合量も違うと思うのですが。 SDS結合量依存的に流れ方は変わるのでしょうか。どうなのでしょうか、ぜひとも意見をお聞かせください。

  • SDS-PAGE 移動度について

    こんにちは!! 大変初歩的な質問で申し訳ないのですが、ご回答お願いいたします。 大学でタンパク質の精製実験をし、チトクロムCの純度が上がっていくのを確認するためにSDS-PAGEをおこないました。 SDS-PAGEでは、マーカーのRf値と分子量の対数値をプロットしたグラフを作成し、そこから分子量未知の試料の分子量を求めるということは理解しています。 Rf値は、ブロモフェノールブルーの移動度を1とした各試料の相対移動度であるということですが、ブロモフェノールブルーの移動度はどこからわかるのでしょうか。 SDS-PAGEの結果のカラーコピーがあるのですが、これをものさしで測ってやればいいのでしょうか?(>_<) ご回答お願いします。 あと、試料は、タンパク質精製のいろいろな段階からとったもので3種類あります。これらの試料から、チトクロムCの純度を求めるのですが、これはSDS-PAGEで染色されたすべての部分の総分子量(1)とチトクロムCの分子量(2)をもちいて、 (2)/(1)で求めればいいのでしょうか? いろいろな文献を読んでもわかりませんでした。 大変初歩的で申し訳ないですが、ご返答よろしくお願いします。

  • SDS-PAGEの分子量

    SDS-PAGEであるたんぱく質の断片を泳動したのですが、分子量は小さいはずなのに、それより分子量が大きいものよりも上のほうにバンドが検出されました。 私なりに考えた結果酸性アミノ酸(Asp,Glu)が多く含まれているので流れにくかったと考えたのですが、そのほかに考えられる理由はあるのでしょうか? pIが大きく違うのですが、これは関係あるのでしょうか?

  • SDS-PAGEのバンドの位置のズレ

    SDS-PAGEのバンドの位置のズレ こんにちは。 早速質問ですが、この前SDS-PAGEを行いました。 計算上の分子量50kDaのタンパク質を大腸菌で発現させた後、 SDS-PAGEにかけて発現を確認しました。 すると、54kDa付近にそれらしきバンドが見られました。 IPTGで誘導をかけていないものも、54kDa付近に少し太めのバンドがありましたが、誘導をかけたものはそれよりもさらに太いバンドです。 4kDaっていうのは誤差の範囲ですか?分子量マーカーの説明書には、「このマーカーから正確な分子量を求めるのは向いていません」と書いてありました。調べてみますと、これくらいの誤差はよくあることみたいなのですが・・・

  • Native-PAGE SDS-PAGE 分子マーカー 電気泳動

    Native-PAGEに用いる分子マーカーを探しています。 Native-PAGEを行ったときに、SDS-PAGEに用いる分子マーカーを使用したところ泳動速度が違ったせいかsampleの進み方が遅かったようです。 私の目的分子量の大きさは25-50kDaあたりなのです。 Native-PAGEでこの大きさのタンパクを見る場合、適した分子マーカーがありましたら、教えていただけないでしょうか? よろしくお願いします

  • SDS-PAGEゲルのトラブル

    あるタンパク質を生体物質から私の研究室(かなり小規模な研究室なので聞ける人があまりいないのです。)では精製していて、随分以前からそのタンパク質が精製できているかどうかをSDS-PAGEゲル上で確認していました。 ところが、ここ1ヶ月ほど前からそのSDSーPAGEゲルの電気泳動結果がおかしいのです。。 例えば、 *本来あるはずの低分子タンパク質のバンドが薄くしか(もしくは全く)見えない。高分子領域にスメアがたくさん見える。 *本来サンプルがアプライされているはずのないレーンにスメアっぽいバンドがたくさん見える。(特に高分子領域に) *バンドはかなりスメアっぽく見える。(シャープなバンドではない。) あと気づいたことですが、泳動直後のゲルはかなり暖かくなっていました。 このような原因として何が考えられるでしょうか?本当に困っています。 ちなみに、私たちの研究室では、 *SDS-PAGEゲルは自作 ポリアクリルアミド、SDS等を水溶液にしたものが冷蔵庫にストックされていて(2.3ヶ月前に作られました)、その水溶液と常時調製している10%APS溶液そしてTEMDを混ぜ合わせて常に作っています。 *ローディングバッファー 半年ちょっと前に作られて冷蔵庫にストックされたものを使っています。 *泳動用バッファー 10倍のTrisベースのバッファーが常温でストックされているので、それを随時希釈して使っています。 *泳動条件 150V(電気泳動ユニットに異常は見られません。)

  • 低分子蛋白量のSDS-PAGEについて

    分子量15kDaの蛋白質を15%SDS-PAGEでウェスタンブロティングしています。それまでとてもきれいに出ていてloadingする蛋白量もかえていないのにここ数週間、突然バンドがでなくなったり、でても細く極端にまがったりするようになってとても困っています。Sample buffer(loading buffer)を手作りしており、その影響かもしれないとおもって何度もつくり直すのですが同じ結果です。 何がいけないのでしょうか?