Kaplan-Meyer 生存分析に便利なソフトを教えて

質問

医療関係者（医師）です。Kaplan-Meyer 生存分析をするのに使いやすいソフトを教えて頂けませんか？
現在、FileMaker のデータを Excel に export して、「4stepsエクセル統計」（税込み 4200円）付録の「Statcel2」を用い、生存分析できているのですが、(1) たとえば 肺癌の stage1 から stage4 までの生存分析をしてくれるものの別々のグラフに表示され、1つに手作業でまとめなければならず面倒、(2) 生存期間 0.125月 など 1以下の少数がエラーになる、(3) 表の隣り合った列に並べてからデータの範囲を指定しないといけない、(4) 打ち切り、非打ち切りを 0,1 で指定しなければならない、など不便な所があります。Statistica version6 というソフトが良いと聞き、生存分析してみた所、(2) はエラーにならず、(3) は離れた項目でも選択でき、(4) は「打ち切り」、「非打ち切り」 のままでも良いのですが、(1) は　Statcel2 よりさらに使いにいでした。

回答No.3

backs · ベストアンサー

>　Excel の Visual Basic の sample がどこかにあると聞いたのですが探し出せませんでした（探し出せても自分で自分に使いやすいように書き直せません）。

同じく群馬大学の青木先生のwebサイトにExcelのページが存在します。今はトップページからのリンクが貼られていませんがね。

　　　http://aoki2.si.gunma-u.ac.jp/lecture/stats-by-excel/vba/html/km-surv.html

お礼

backさん、貴重な情報ありがとうございます。過去ログから sample を探そうとして探し出せず悩んでいました。教えて頂いたページからダウンロードして、実行、Kaplan-Meyer 生存曲線のグラフが出ました。
マクロとか Visual Basic の経験がほとんどない僕にはとても勉強になる貴重な Visual Basic のコードを見ることができ、今度の連休ではまってみたいです。
ただ、WindowsVista でダウンロード、Excel2007 で開くと
　　ファイル エラー:データ が失われた可能性があります
というエラーメッセージが出てギョッとしました。でも、実行はできたので、良かったです。また、WindowsVista と Excel2007、WindowsXp と Excel2003、（記憶で書いてますが → ）MacOS X Tiger と Excel のいずれも、実行時にエラーが出ました：
　　実行時エラー 'g'
　　インデックスが有効範囲にありません
デバッグボタンを押すと、Visual Basic のコード
　　Windows("km-surv.xls").Activate
でエラーが出ているようなのですが、今の僕の知識では手も足も出ず、そのうちにわかるようになりたいです。
というか、医師として、肺癌であれば、Stage1（初期の癌）から Stage4（進行した癌）のデータも選択して、１つのグラフに表示したり、腺癌、扁平上皮癌、大細胞癌、小細胞癌、および希な癌肉腫などいろんな癌の種類を１つのグラフに表示して違いを見たいという強い欲求があります。
青木先生の Visual Basic のコードは親切なコメントがついて見やすく、僕の知らない技もたくさん勉強できて、医師の欲する機能のコードを作りたいです。
貴重な情報、本当にありがとうございました。
ただ、プログラムを組まないでも、医師の要望に応える Kaplan-Meyer 生存曲線のグラフを作成できる統計ソフト情報は引き続き募集中です。SAS、JMP、SPSS、Eviews、Stata、GAUSS、MINITAB などの統計ソフトでの生存曲線の作成はどうなのか？ 技術計算システムの Mathematica でもできるのでしょうか？

補足

shuu_01 です。「この回答へのお礼」で、「Kaplan-Meyer 生存曲線のグラフを描けたものの、エラーが出た」と書きましたが、原因を探ろうと、WindowsVista と　Excel2007 で sheat のセルの内容、ボタン、VisualBasic のコードをコピーして、ボタンのマクロの登録もし治したら コードなど変更なしに、そのままエラーなく実行されました（グラフの位置が少しずれましたが）。
自分のデータの解析をしやすいようにコードを追加する作業は、、、中学１年生がハリーポッター第７巻を原書で読んで、死んだ人たちを生き返らすように書き直すような困難にぶちあたっていますが、ちょっとずつ解読したいです。

回答No.6

hmasyc

NAGが提供する数値計算ライブラリもExcelから利用できます。
生存期間が1以下でもＯＫでした。

参考URL：

http://www.nag-j.co.jp/naglib/survivalAnalysis.htm

回答No.5

si_star

すでに紹介されていましたが、カプランマイヤー生存分析に関する記述がありました。
これを参考にするといいのでは。
http://www.mdf-soft.com/Prism/LearnPrism.html

回答No.4

backs

>　Kaplan-Meyer 生存曲線のグラフを作成できる統計ソフト

PRISMというのはご存知ですか？Windows版でもMac版でもありますし、医療分野では定評のある統計ソフトだと思います（もちろん生存曲線を描く機能もあります）。

　　　http://www.apple.com/jp/medical/prism/index2.html

デモ版もあるので試してみると良いかと。

　　　http://www.mdf-soft.com/prism5/demo.htm

>　SAS、JMP、SPSS、Eviews、Stata、GAUSS、MINITAB などの統計ソフトでの生存曲線の作成はどうなのか？

全部知っているわけではありませんが、、、

SASもSPSSもパッケージ単位での購入となるので、生存曲線を描ける機能を追加するには余計にお金がかかるかも知れませんね(^_^;)　JMPはデモ版もあるので使ってみるとよいでしょう（http://www.jmp.com/japan/support/downloads/jmp_trial.shtml）。

MINITABのデモ版（http://www2.kke.co.jp/minitab/download.html）も使ってみれば使い勝手がわかるでしょう。

Eviews、Stata、GAUSSのような（少なくとも日本国内では）マイナーなソフトウェアはサポートが少ないのが後々にアダになる可能性があるので、個人的な経験からあまりおススメはできませんね。参考となる書籍やwebサイトもすべて英語のものに頼らなければなりませんし。

それにEviewsとStataはどちらかというと経済学や社会学の分野で発展してきているものなので、そういう機能があったとしても果たして使いやすいか、満足できる機能であるかどうか、という問題がありますね（やはりJMPやPRISMがおススメ）。

お礼

backs さん、PRISM の紹介ありがとうございました。教えて頂いた、アップルのホームページを見ると、いきなり僕のしたかった「カプランマイヤー生存分析の処理手順」があって感激でした。
本当は「すぐできました」と報告したいのですが、FileMaker から Statistica へのデータ移行で四苦八苦した経験があり、PRISM にもちょっと恐れがあり、ハードディスクのバックアップとってから、２８日間のデモ版を試してみたいです。２８日以内にデータ移行、生存曲線が描けると良いのですが(^_^)
購入するとなると、英語版のダウンロードで 500ドル、日本語化されたのは139,860円（アカデミック 107,163円）、、、僕に買える値段ではなく、病院にどうやって買ってもらうか、、、院長に個人的に買わせて院長が使いこなせなかった時も恐いし、、、
プログラム能力があれば、最初に紹介していただいた R だとお金の心配しなくて済んだんですよね。
今まだ医師の日常業務が終わらず、パソコン、プログラム、ソフトの使い方にひたって遊べず悲しいです。Visual Basic、PRISM の勉強、結果報告は何日もかかると思いますが、いろいろ教えてくださりありがとうございました。

補足

backsさん、こんばんわ。shuu_01 です。
今日は PRISM デモ版を install し、Kaplan-Meyer 生存曲線を表示することができました。install してすぐ表示できたのは、backs さんに教えて貰った http://www.apple.com/jp/medical/prism/index2.html​に簡単な解説があったからです。ただ、いくつか問題に遭遇しました：
(1) 僕の家のパソコンでは WindowsXp も WindowsVista も PRISM デモ版はすんなり install できたのですが、日本語アドオン版は Xp も Vista も「このマシンには InstallScript エンジンがありません。
ISScript.msi がある場合はそれを実行し、ない場合は
サポート担当者にお問い合わせください」とエラーが出ました。インターネットで IsScript9 を実行したもうまく行かず、どの IsScript かわからず、諦めてしまいました。そのせいか、PRISM の表に日本語を入れると文字化けします（←→ Statistica は英語版でも文字化けしませんでした）
(2) import の機能はあるのですが、Excel、tab、カンマで区切ったテキストファイルをうまく import できませんでした。仕方ないので Excel から copy & paste で持ってきました。
(3) 生存曲線を描けたと言っても、解説のとおりにデータを入れたからです。Excel の表を仮に import できたとしても、データの位置を並べ替えるのが面倒そうです
(4) できた生存曲線もデフォルトでは数本のマークは同じ、色は黒でどれがどれかわからず、後で色など変えないといけませんでした。
と言っても、上記の簡単な解説を見てちょこちょこ試しただけなので、使いこなすと良い方法があるのかもしれません。
JMP は、、、実は何年も前に買ってちゃんと使えなかったので手がすくみ、次は Visual Basic のコードの勉強を始めたいです。

回答No.2

shuu_02

backsさん、とても早い回答ありがとうございます。
shuu_01 です（← 職場から登録。今は自宅で shuu_02）。
肺癌の Kapkan=Meyer 生存曲線はパソコンが全然 得意でない院長先生から「今まで Macintosh で StatView で統計、生存曲線を出していたけど、2002年で販売終了となり、今の MacOS X で動かない。どうしよう？」との相談を受け、いろいろ探しました。無料で使える R も検討しましたが、プログラムの経験がないと難しく、院長にも僕にも敷居が高すぎました。Excel の Visual Basic の sample がどこかにあると聞いたのですが探し出せませんでした（探し出せても自分で自分に使いやすいように書き直せません）。

回答No.1

backs

使用例を提示できれば格好がつくのですが、医療方面で活躍されている先生でもけっこう「R」を使っている人が多いので、できるのではないかなぁ・・・と思うのです（全然、回答になっていませんが）。

　　　http://www.okada.jp.org/RWiki/
　　　http://www.r-project.org/

たぶん、質問者さんがやりたいのはこれ

　　　http://aoki2.si.gunma-u.ac.jp/R/km-surv2.html

なのではないかと（これはRを使った例です）。