- 締切済み
多糖類の多い植物からのDNA抽出法。
shimokitazawaの回答
- shimokitazawa
- ベストアンサー率0% (0/0)
経験者といってもぺーぺーの4年なのですが、同じようなことしてます。 DNA抽出はCTAB法を用いますが、その前にサンプルを洗浄してます。 粉末にしたサンプルに以下の洗浄bufferを加え遠心分離→上清を捨てる。 これを上清の粘りけがなくなるまで繰り返します。その後はそのままCTABへ (CTAB溶液は65℃でやってます） 洗浄bufferの組成 0.1M HEPES (NaOHでpH8.0に調整)←0.1M Tris-HCl,pH8.0で代用可？ 0.1% ポリビニルピロリドン 4% 2-メルカプトエタノール D.W 基本的なことのようで、もしかすると既になさっているかもしれませんが、お役に立てたら幸いです。 もうひとつ、得られた沈殿を0.1M(pH6.0)の酢酸ナトリウムに完全に溶かし、ゆっくりと1/10量のエタノールを加えると多糖類だけが析出。これを遠心分離し上清をエタ沈。という方法があるようです。ただ実際やったことがあるわけではないので少々無責任な発言となります。
関連するQ&A
- タンパク抽出について
細胞からタンパクを抽出してウエスタンブロットをする予定です。 今、ＫＩＴを使用して歯根膜細胞からタンパク抽出をしているのですが、ＰＢＳでの細胞回収で遠心してもペレットが沈澱しません。 プロトコールには４５０×g ５分と記載されていますが、沈澱しないので１０分しましたがだめでした。 どのようにしたらよいか教えてください。 よろしくお願いします
- 締切済み
- 生物学
- DNA抽出のフェノクロの廃液処理
研究室には、フェノール用廃液とクロロホルム用廃液があります。DNA抽出で使った後のフェノールクロロホルムは、どっちの廃液入れに入れたらいいのでしょうか？ 今更研究室の人に聞けなくて、誰か教えてください。
- 締切済み
- 生物学
- DNAの精製で注意する点
PCR法によって増幅したDNAを制限酵素処理しライゲーションする実験をしているのですが、PCR産物が酵素で切断できていない可能性があり(電気泳動の時点では判断つかないので)、サイト検索で調べたりなどしてDNAの精度が問題となることが多いと書いてありました。PCR産物の精製はフェノール/クロロホルム抽出後エタ沈でしています。フェノール/クロロホルム抽出→クロロホルム抽出→エタ沈一晩→エタノールで2回洗い→乾燥です。大雑把な説明ですが、 1)フェノール/クロロホルム抽出 2)エタノール沈殿 について特に注意点などありましたら助言お願いします。なお、今使っているプロトコールは他の人で成功しているものなので、それ自体には間違いはありません。
- ベストアンサー
- 生物学
- エタノール沈殿がうまくできません。
PCR product をフェーノール／クロロホルム抽出とクロロホルム抽出の後にエタノール沈殿をして回収しようとしました。 PCR後に、アガロースゲルで目的DNAが増幅されているのは確認できていたのに、エタノール沈殿でDNAがでてきません。 実験の大まかな流れは、PCR→アガロースゲルでチェック→フェノール／クロロホルム抽出→クロロホルム抽出→エタノール沈殿といった感じです。 どうすればうまくエタノール沈殿ができるでしょうか。 だれか教えてください。
- ベストアンサー
- 生物学
- 大腸菌のRNA,DNA同時抽出について
こんにちは。初めて質問させていただきます。 現在、大腸菌のTotal DNA, Total RNAを行っております。 現在、RNAはHot phenol法で行っているのですが、この方法で、RNA, ＤＮＡを分離して両方回収できないでしょうか。 Hot phenol法では、water-saturated phenolを使っているので、水層にはRNA、フェノール層には、DNAが来ているはずですが、フェノール層からDNAが回収できればいいと思っております。 似た方法であるIsogenのプロトコルを見ると、フェノール層にエタノールを入れ、沈殿させていますが、これでＤＮＡは沈殿するのでしょうか？一般的に塩がないとＤＮＡは沈殿しないといわれていますが、フェノール層のＤＮＡも沈殿するのでしょうか。 また、Hot phenol法以外にも。DNA, RNAを分離してそれぞれ回収できる方法があれば教えていただけるとありがたいです。
- 締切済み
- 生物学
- AGPC法の原理
AGPC法でRNAを抽出する際に、RNAが水層に、DNAがフェノール層に移行する理由は一般的にリボースの－OH基に注目して述べられていますが、以下のような記述を見つけました。 「ただ、そのことは、RNA の方が DNA よりも親水性が強い ことを示してはいるものの、”酸性の条件下で” フェノール／クロロホルム抽出をしたときに DNA が有機溶媒層に行くことの説明としては不十分です。実際、中性でフェノール／クロロホルム抽出を行うと DNA は水溶液層に行きます。なぜ ”酸性” だと DNA が有機溶媒層に行って RNA が水溶液層に行くのか」 考えてみたのですが、他になにも思い当たりません。 教えてください。 またクロロホルムをなぜ添加するのかも教えていただければ助かります。
- ベストアンサー
- 生物学
- DNA抽出後のエチルアルコール
大学でマウス肝臓を使用し、 SDSで分解⇒クロロホルムで除蛋白⇒エチルアルコールにDNA溶液をつけガラス棒でDNA抽出を行いました。 ガラス棒でDNAを巻き取った後、沈殿が生じました。 個人的に蛋白質だろうか？とぼんやり考えているのですが、原理がわかりません。 とても気になっています。ヒントでもよいので、 回答よろしくおねがいします。
- ベストアンサー
- 化学
- DNAが消えた！
組織からDNAを採取し、フェノール→フェノクロ→クロロフォルム処理→エタ沈で回収したDNA（DNA(1)）がちょっと薄かったので、クロロフォルムに残った層から再度回収して（DNA(2)）、最初のDNAに混ぜました（DNA(1)＋(2)）。volumeを減らして濃度を濃くしたかったため、再度エタ沈したところ、DNAがなくなってしまいました（泣）(1)と(2)は濃度を測定して50ng/ul前後ありました。しかし、(1)＋(2)は100ng/ulぐらいはあるはずが、0.1ng/ulしかないんです。最後のエタ沈は、TEと1/10量の3M酢酸ナトリウム、2.5倍量のエタノールを入れて混ぜ、-80℃15分、遠心12000rpm 30minしました。70%EtOHでリンスする時に遠心機利用が他の実験者とバッティングしたため、10分くらい70%EtOHを入れたままおいてしまいましたが、4℃12000rpm10min遠心して乾燥させ、TEに溶解しました。DNAが回収できなかったのは、どこがいけなかったんでしょうか？
- ベストアンサー
- 生物学
- DNAの溶解について
BACのDNAをアルカリ法で精製していますが、ペレットをエタノールで洗浄した後TEに溶解すると、溶液が白濁（というか粘性のある白い沈殿？）してしまいます。 これはDNAが濃すぎて溶解していないからでしょうか？ それとも何らかの雑菌が入ってネバネバしているのでしょうか？ ちなみに、これをそのまま泳動してみると、ウェルに白いものが汚く残ってしまいます。 あと、溶解している液は0.1TEなのですが、TEと0.1TEでDNAの溶解度は違ったりするのでしょうか？ 初心者で、たくさん質問してしまってすみません。 ご回答よろしくお願いします。
- 締切済み
- 生物学
お礼
ありがとうございました。トライしてみます。