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refolding kit のプロトコルについての疑問
たぶんわりと最近出た、N社のリフォルデリング条件スクリーニングキットでiF0LDという製品があります。 このキットの製品添付のプロトコルに一部疑問があります。プロトコルの大まかな流れは、 １．大腸菌から封入体を取る ２．封入体を濃いめ（4%w/v強）のN-ラウロイルサルコシンで可溶化かつTCEPで還元 ３．3,700Da cut-off以下の透析膜を用いた透析で、N-ラウロイルサルコシンを0.06%まで抜く ４．巻き戻し用バッファーに1/10希釈して巻き戻し となっています。疑問なのは３のステップです。 N-ラウロイルサルコシンで4%(w/v)強っていうのは明らかに限界ミセル濃度以上なので、ミセルを形成しているはずです。しかし、SDSのミセルは10,000Da cut-off位のポアはほとんど通過しないという話を聞きました。N-ラウロイルサルコシンもSDSもミセルのサイズはそれほど違わないんじゃないかと思うのですが、そうすると３のステップは、原理的におかしいということになります。 この点について、N社には問い合わせ中ですが、2週間近くなんのレスポンスも無いので、ここで皆さんのご意見を聞いてみることにしました。（N社にはもちろん再度問い合わせ中です。）よろしくお願いいたします。
- lamb1204
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4%溶液でタンパク質が多量に入った状態では溶液中すべてのN-ラウロイルサルコシンがミセルを形成している訳ではないと思いますので、 透析は緩やかに溶液が希釈されることでモノマーが排出されていくのに対し限外濾過は急激に濃縮されたので、ミセルを作らない方向とミセルを積極的に作る方向に向かったのではないでしょうか。
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- ebikichi
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>N-ラウロイルサルコシンもSDSもミセルのサイズはそれほど違わないんじゃないかと思うのですが、 もう忘れてしまいましたが、 界面活性剤の種類によってミセルサイズは全然違います。 SDSはでかい、NP40は小さい、、、（自信なしですが）
補足
ご回答ありがとうございます。 ミセルサイズなどが載っている資料がなかなか見つけ難くてN-ラウロイルサルコシンの正確な値は分かりません。もし、そのような資料をご存知でしたら教えていただけませんでしょうか？ 【補足】 実は、kitを使わずにこのプロトコルにのっとって巻き戻しを試みたことがあります。このプロトコルが正しいとすると、ステップ４で得られた試料のN-ラウロイルサルコシン濃度は、0.006%（＜CMC）となります。このステップ４で得た試料を、Centriprep, 10.000Da cut-offで限外ろ過濃縮し、機能解析に使用してみました。その結果は、CentriprepによってN-ラウロイルサルコシンも濃縮されてしまったとしか解釈できない結果でした。この結果から、今回の疑問を持つに至ったという経緯があります。
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毎度ご回答ありがとうございます。 >透析は緩やかに溶液が希釈されることで…向かったのではないでしょうか。 なるほど言われてみると確かにそういうイメージは出来ます。ともかくrefoldingでこの類の界面活性剤を扱うのは難しそうですね。