タンパク質配列の予測

質問

系統樹を作成する際シーケンスなどでアミノ酸配列を決定後、ORFfinderでタンパク質の配列を予測することが必要になるのはなぜですか？また、ORFfinderはどのような原理でタンパク質配列を予測しているのですか？教えてください。お願いします。

回答No.1

Penfield · ベストアンサー

＞ORFfinderでタンパク質の配列を予測することが必要になるのはなぜですか？
　DNA配列でも可能だと思うのですが、多分、計算法が簡単だからアミノ酸配列を使っているのだと思います。
というのも、１コドンでアミノ酸だと２０パターンですが、DNAだと４の３乗で６４パターンになります。

＞また、ORFfinderはどのような原理でタンパク質配列を予測しているのですか？
　別に原理とかは特にないと思うのですが。
いくつかのものはREADING FRAMEを自分で入力することが必要ですし、入力しないものは６通りのORFが出てきますよね。
あと、５０以下のものは除くとか、いくつか条件を変えれるORFfinderもあるようです。
ORFfinderは一つではないですよ。