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プラスミドDNAのコピー数の算出方法が知りたいです

定量PCR（相対定量）でmRNAの発現量を比較したいと思っております。 スタンダードとして、TOPO TAcloning、ボイルプレップにより目的遺伝子のプラスミドDNAを調製しました。 このプラスミドDNAの希釈系列をスタンダードとして使用したいのですが、 その場合、コピー数はどのような計算をすればよいでしょうか？

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  • Dr_Hyper
  • ベストアンサー率41% (2482/6031)
回答No.1

遺伝子解析ソフトみたいなものがあれば簡単だけど，そのplasmidの全配列から算出される分子量がまず必要ですよね。 そこからモル計算をすれば，plasmidの個数がでてくるわけで，それがコピー数です。それが計算できれば1 ng で　何コピーある。と容易に算出できますよね。 気になるのは，ボイルプレップ程度の精製度だと測定したDNAの濃度が多少誤差が生じるかも知れないので，できればキレイに除タンパク，除RNAをして濃度測定するか，泳動して濃度を判定した方がいいと思いますけどね。 折角コピー数まで出すのに，スタンダードの濃度がいい加減なら意味ないですからね。

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