• 締切済み

MAPKのERK5について

現在、虚血の際活性化するERK5の論文を読み、聴衆に発表する為のスライド作成をしています。 ERK5が他のERKと一次構造でC末がこんなに長いのよ、という事を視覚に訴える為、よい一次構造をネット上で探しているのですがいいものが見つかりません。 求めているものは、アミノ酸配列が細かく表記されていなくてもよいので、ERK1/2やJNK,p38と比較した模式図的なものか、アミノ酸配列を比較し、同じアミノ酸は黒枠、似たアミノ酸は灰色・・・みたいな相同性が一目で分かるもののどちらかです。 ERK5の初期論文のFigでは、少し分かりづらく、また私の力不足でうまく自作の模式図がかけません。更に専用ソフトが無い為上記の後者のような図もかけず。 何かよいアドバイス、もしくは参考になるサイトなど、あれば教えていただけるとうれしいです。

みんなの回答

回答No.3

>アミノ酸配列を比較し、同じアミノ酸は黒枠、似たアミノ酸は灰色・・・みたいな相同性が一目で分かるもの は、 自分でエクセルで作れるんじゃないですか? アミノ酸配列のテキストファイルがあれば、各アミノ酸の間に「Tab」を入れて保存後、拡張子を.xlsにして、チョコチョコいじればいいと思うんですが。

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noname#17364
noname#17364
回答No.2

こんにちは。  直接の回答ではありませんが、こういうときはとにかくreviewをかたっぱしから当たってみることです。そのなかから使えそうなヤツをピックアップしてはいかがでしょうか。ネット上でっていうのは、ちょっと難しいかもしれませんよね・・。マニアックすぎて。

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  • yuyu2003
  • ベストアンサー率29% (23/79)
回答No.1

BLASTで配列比較するのでは不十分なのでしょうか?

参考URL:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/
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  • 科学論文翻訳の添削のお願い その7

    QNo.8084236の続きです.おもしろそう(生きたまま電子顕微鏡で動物を観察する技術)なので読み始めましたが,特に,(4)がしっくりしません.(8)は文章が長く,まったく自信なしです.どなたか添削をお願いします. 因みにA thin polymer membrane, nano-suit, enhancing survival across the continuum between air and high vacuum という論文です.   (1)Untreated and treated specimens showed decreases in weight of 70.3 ± 4.6% and 11.3 ± 2.7%, respectively, after 30 min in vacuo (n = 25). (1)未処理および処理試料は,真空中に30分の後,それぞれ70.3±4.6%および11.3±2.7%の体重減少を示した(n=25). (2)These results strongly suggest that the artificial ECS played a significant role as an extra barrier ameliorating the effects of high vacuum. (2)これらの結果は,人口ECS(細胞外物質)が,特別なバリア改善のための高真空の効果として重大な意役目を果たしたことを強く示唆する. (3)In addition, we found that the fine structure of the surviving larvae was completely different from that of untreated specimens and traditionally prepared specimens (Fig. S4). (3)更に(加えて),我々は,生き残った幼虫の微細構造が,未処理試料と伝統的に準備された試料が完全に異なることを見いだした. (4)In the present study, each segment of the living animal seemed perfectly preserved and complete (Fig. 2 L and M), with ample body fluid (haemolymph) apparently retained inside. (4)本研究において,生きている動物のそれぞれの部分は,完全に温存され,たように思われた.そして(生きている動物の各部は),豊富な体液体(血液リンパ)で,見たところ内部が保持された(図2LおよびM)    (5)Following traditional preparation, shrinkage of the body was inevitable (Fig. S4A) and distinct furrows and alternating ridges (Fig. S4B, arrows) were identical to those of untreated specimens (Fig. 2I, arrows). (5)従来の前処理後に(に続いて),体の収縮は予測できた(図S4A).そして,注目すべきしわおよび交互に並んでいる突起部(図S4B 矢印)は,それらの未処理の試料と同一であった.  (6)There were many wrinkles in the furrows in the two control treatments (Fig. 2I and Fig. S4B, arrowheads), but such wrinkles were completely absent in the treated specimen (Fig. 2N, Fig. S4D, and Movie S4). (6)2つの比較処理の深いしわの中には多くのしわがある(図2Iおよび図S4B 矢印),しかし,このような深いしわは,処理試料では完全になくなって(欠けて)いた(図2N 図S4Dおよび映像S4).  (7)TEM images clearly showed that the surface of the treated specimen was covered with a nano-suit of ∼50- to 100- nm thickness (Fig. 2O). (7)TEM画像は,処理された試料が50~100nmの厚みのナノスーツで覆われていることを明確に示した(図2 O). (8)Although high-magnification imaging (∼×200,000) of treated specimens was possible only when the living animals remained motionless during scanning, the neatly ordered structures covered by the nano-suit suggest that the natural surface structure of the animal is conserved and strongly supports our notion that the nano-suit can preserve the “real-life appearance” down to microscopic details (Fig. S5). (8) 処理された試料の高拡大図(20,000倍)は,唯一,生き残っているの可能性があったとはいえ,生きている動物は,走査中じっとしていたときだけ, きちんと 順序だてられた 構造は,「ナノスーツは動物の自然な表面構造が保存された.また,“実在の外観”が 微細な全体を構成する個々の要素の一つ一つ(図S5)に至までナノスーツが 守ることができる という我々の考え(イメージ)を強く支持することを示唆した.」 覆われたことにより,可能になった.  (9)Finally, we examined whether the component of the nano-suit can be fabricated as a biocompatible membrane (11). (9)最後に我々はナノスーツが生体適合性のある膜として組み立てられているかについて構成要素を研究した(11). (10)A diluted solution of Tween 20 was spread by spin casting on a glass substrate, directly irradiated by plasma, and floated on a water surface. (10)希釈されたTween20はガラスの基材にスピンキャスティング法により塗られ,プラズマによって直接照射され,水面上に浮上させられた. 意味:スピンキャスティング法によりガラス基材にTween20の希薄溶液を塗布し,プラズマを直接照射しすることにより,薄膜は水面上に浮き上がった. (11)This method differs from earlier ones that involved vapor deposition (Discussion). (11)この方法は,蒸着をともなう以前の方法と異なる(討議) (12)The fabricated free-standing membrane (Fig. 3B) was insoluble in both water and ethanol, clearly showing the effects of plasma polymerization (8). (12)組立てられたナノースーツ膜(図3B)は水およびエタノールの両者に不溶であった,(そして)プラズマ重合の効果明確に示している.

  • 科学論文翻訳の添削のお願い その4

    QNo.8068764の続きです.おもしろそう(生きたまま電子顕微鏡で動物を観察する技術)なので読み始めましたが,特に,がしっくりしません.どなたか添削をお願いします. 因みにA thin polymer membrane, nano-suit, enhancing survival across the continuum between air and high vacuum という論文です.      (1)Although they have a soft cuticle covered by extracellular substances (ECSs) (6), they ontinued to actively move around for 60 min under the SEM (n = 25) (Movie S1) and subsequently eveloped normally. (1)とはいえ,彼ら(動物)は,細胞外物質(ECSs)で覆われた柔らかい表皮をもち(6),彼ら(動物)はSEM(n=25)および下およそ60分間積極的に動くことを継続した (2)No apparent structural changes occurred (Fig. 1 A–C). (2)明らかな構造変化が起らなかった(図1A-C). (3)High-magnification images revealed an intricate wrinkled surface structure (Fig. 1D). (3)高倍率画像は複雑なしわの寄った構造を明らかにした(図1D). (4)When control larvae (Fig. 1F) were placed in the SEM observation chamber for 60 min at an identical vacuum level, but without concurrent electron-beam radiation, subsequent SEM observations revealed they were all dead and structurally badly distorted (Fig. 1 G–I). (4)対象群の幼虫(図1F)は,同一真空レベルのSEM観察室中に60分置かれたとき,しかし 一致しない電子線ビーム,それに続くSEM観察は明らかにした.それらは全て死んでおり,構造的に非常にゆがめられた(図1G-I). (5)Transmission electron microscopy (TEM) showed that animals subjected to SEM electron bombardment immediately produce an extra thin layer (~50- to 100-nm thickness) over their surface (Fig. 1E). (5)透過型電子顕微鏡(TEM)は,動物がSEMの電子照射するやいなや, さらされた特別な薄膜(50から100nm厚)がそれらの表面を覆ったことを示した(図1E) (6)No such layer was detected in animals that had been exposed in vacuo for the same time but without electron bombardment (Fig. 1J). (6)このような層は,電子線照射なしに曝された動物において検出されなかった. (7)These results led to the hypothesis that electron-beam irradiation (7) enhanced cross-linking within the ECS to form a durable polymer on the surface and that this polymer increased resistance to vacuum conditions. (7)これらの結果は仮説をもたらした.そしてそれは,電子線照射(7)が表面に耐久性のあるポリマーを形成するためのECSなしに架橋を増進した.そして,このポリマーは抵抗する力が増加した. (8)To test this hypothesis, surface polymerization was achieved by a different method: plasma irradiation. (8)この仮定をテストするために,表面の高分子量化は異なる方法(プラズマ照射)で達成された. (9)The ionized particles of plasma provide the energy necessary to initiate polymer formation, enabling uniform coating of surfaces with solvent-insoluble polymers (8). (9)プラズマのイオン化粒子は,ポリマー形成を開始するために必要なエネルギー,溶媒不溶性高分子の表面の均一コーティング付与を提供する.

  • nature(論文)の和訳添削のお願い(その9) 

    QNo.7312306の続きです.natureに掲載された論文の訳です.苦戦です.どなたか添削をお願いします. (1)It is also of interest that TERT (telomerase reverse transcriptase) showed stable expression regardless of age (Supplementary Fig. 12). (1)また,TERT(テロメラーゼ反転転写酵素)は,老化に関係なく安定発現を示したということは興味深い. (2)This finding is consistent with the role of the telomerase complex, highlighted by positive selection on TEP1 and TERF1. (2)この発見はテロメラーゼ複合体の役割であるが,(そしてそれは)TEP1およびTERFの正の選択が浮き彫りにしたことと一致する. (3)Overall, transcriptome and sequence data revealed different (compared to humans, mice and rats) patterns of NMR genes, which may underlie longevity mechanisms in this animal. (3)全般的に言えば,トランスクリプトーム(≒全体像を定量的あるいは定性的に把握する研究手法)および 配列データは(ヒト,マウスおよびラットと比較した)差異を明らかにした.そしてそれは,この動物(この論文の流れよりハダカデバネズミ)の並外れた長寿根拠となるといっても差し支えない. (自然な訳)全般的には,トランスクリプトームおよび配列データは,ヒト,マウスおよびラットと比較した差異を明らかにしたが,このことが,この動物(この論文の流れよりハダカデバネズミ)の並外れた長寿の根拠といっても差し支えない. (4)Non-shivering thermogenesis is a major heat production process in mammals that mainly depends on the action of UCP1, one of the 39 vertebrate genes that changed uniquely in the NMR (Supplementary Table 19). (4)非ふるえ熱産生は,NMRの他に類を見ない変化を遂げたucp1(39種の脊椎動物の遺伝子の1つ)の中心的な作用に主に基づく哺乳類の熱産生工程である. (意味)NMRのucpl(脊椎動物の39種類の遺伝子の1つ)は他の哺乳類には見られない変化を遂げたものであるが,NMRの熱産生工程はこの作用による非ふるえ熱産生である. (5)UCP1 featured changes in amino acids Gln 146, Arg 263,Trp 264 and Thr 303, with the latter two residues being subject to positive selection (P,0.05, likelihood ratio test for the branch-site model, n530) and Arg 263 and Trp 264 located in the conserved nucleotide binding motif (Fig. 3a). (5)UCP1は,後者2つ(Trp264およびThr303)の残基の存在するポジティブ選択に依存するGLn146,Arg263,Trp264およびThr303のアミノ酸の著しい変化を特徴とする. ←自信なし   (6)With Arg–Trp instead of the rigid Gly–Pro in the key regulatory site, UCP1 is expected to lose the tight regulation by purine nucleotides as inhibitors and fatty acids as activators (Fig. 3b and c). (6)重要な調節部位中の剛性Gly-Proがあり,UCP1(脱共役タンパク質/遺伝子)は,制御因子としてのプリンヌクレオチド,および活性化因子としての脂肪酸により厳密な(発現)調節を減少させると期待される (7)The same loop also features two positively charged Lys residues followed by a negatively charged residue (also a unique combination), that should markedly affect the local electrostatic potential of UCP1. (7)また,同じループ特性の2つの肯定的に変化したLys残基は,その後に残基の消極的な変化が続く(また,固有の組合せでもある).(そして)それは、著しくUCP1のローカルの静電ポテンシャルに影響するに違いない。

  • nature(論文)の和訳添削のお願い(その10)

    QNo.7312306の続きです.natureに掲載された論文の訳です.苦戦です.どなたか添削をお願いします. (1)It is also of interest that TERT (telomerase reverse transcriptase) showed stable expression regardless of age (Supplementary Fig. 12). (1)また,TERT(テロメラーゼ反転転写酵素)は,老化に関係なく安定発現を示したということは興味深い. (2)This finding is consistent with the role of the telomerase complex, highlighted by positive selection on TEP1 and TERF1. (2)この発見はテロメラーゼ複合体の役割であるが,(そしてそれは)TEP1およびTERFの正の選択が浮き彫りにしたことと一致する. (3)Overall, transcriptome and sequence data revealed different (compared to humans, mice and rats) patterns of NMR genes, which may underlie longevity mechanisms in this animal. (3)全般的に言えば,トランスクリプトーム(≒全体像を定量的あるいは定性的に把握する研究手法)および 配列データは(ヒト,マウスおよびラットと比較した)差異を明らかにした.そしてそれは,この動物(この論文の流れよりハダカデバネズミ)の並外れた長寿根拠となるといっても差し支えない. (自然な訳)全般的には,トランスクリプトームおよび配列データは,ヒト,マウスおよびラットと比較した差異を明らかにしたが,このことが,この動物(この論文の流れよりハダカデバネズミ)の並外れた長寿の根拠といっても差し支えない. (4)Non-shivering thermogenesis is a major heat production process in mammals that mainly depends on the action of UCP1, one of the 39 vertebrate genes that changed uniquely in the NMR (Supplementary Table 19). (4)非ふるえ熱産生は,NMRの他に類を見ない変化を遂げたucp1(39種の脊椎動物の遺伝子の1つ)の中心的な作用に主に基づく哺乳類の熱産生工程である. (意味)NMRのucpl(脊椎動物の39種類の遺伝子の1つ)は他の哺乳類には見られない変化を遂げたものであるが,NMRの熱産生工程はこの作用による非ふるえ熱産生である. (5)UCP1 featured changes in amino acids Gln 146, Arg 263,Trp 264 and Thr 303, with the latter two residues being subject to positive selection (P,0.05, likelihood ratio test for the branch-site model, n530) and Arg 263 and Trp 264 located in the conserved nucleotide binding motif (Fig. 3a). (5)UCP1は,後者2つ(Trp264およびThr303)の残基の存在するポジティブ選択に依存するGLn146,Arg263,Trp264およびThr303のアミノ酸の著しい変化を特徴とする. ←自信なし   (6)With Arg–Trp instead of the rigid Gly–Pro in the key regulatory site, UCP1 is expected to lose the tight regulation by purine nucleotides as inhibitors and fatty acids as activators (Fig. 3b and c). (6)重要な調節部位中の剛性Gly-Proがあり,UCP1(脱共役タンパク質/遺伝子)は,制御因子としてのプリンヌクレオチド,および活性化因子としての脂肪酸により厳密な(発現)調節を減少させると期待される (7)The same loop also features two positively charged Lys residues followed by a negatively charged residue (also a unique combination), that should markedly affect the local electrostatic potential of UCP1. (7)また,同じループ特性の2つの肯定的に変化したLys残基は,その後に残基の消極的な変化が続く(また,固有の組合せでもある).(そして)それは、著しくUCP1のローカルの静電ポテンシャルに影響するに違いない。