源泉所得税の計算に非課税交通費が含まれていました

質問

こんにちは。
私は入社半年で、従業員10人ほどの会社で給料計算を担当しています。25年1月より所得税率が変更になったのですが、これまでの率でしか計算できない古い給与ソフト（ここではＡとします）を使い続けることになりました。そこで今まで自動算出できていた所得税を手入力することになったのですが、その際いくつか気になる点が見つかりました。

１．給与ソフトが、非課税の交通費も含めたうえで所得税を計算していた（入力箇所は非課税交通費と課税交通費にきちんとわかれています）。つまり明細上では非課税交通費に金額が出ているが所得税を計算するうえで課税扱いになっているました。もちろん源泉徴収票もその額で作成されています。
２．古い給与ソフトＡの前はＢの給与ソフトを使用していたが、その時も非課税の交通費を含めたうえで所得税が計算されている。少なくとも前任者が給与計算をしていた間ずっとその計算方法だったようです。
３．交通費に関する法律改正のあった平成24年1月以降も、通勤距離にかかわらずどの従業員も交通費は非課税扱いでした。

私が給与ソフトを過信しすぎて放置していたのも悪いのですが、何年も前から所得税の算出方法が間違っていたと思うと、今更訂正する気になりません。しかし同時に自己嫌悪に陥ってしまいます。どうすることが一番いいのでしょうか。それとも上記１～３は職場によっては認められるやり方なのでしょうか？

ちなみに、給与計算にかかわっているのは私だけで、社長は私に任せきりになっています。
どなたかアドバイスをお願いいたします。

回答No.5

noname#212174

Q_A_…です。
お礼いただきありがとうございます。

＞…非課税交通費の初期設定を確認したところ、「所得税計算をするうえで非課税扱いにする」というチェック項目があり…

なるほど、「バグ」ではなく、そういう選択ができるのですか。

しかし、よく分からない設定ですね。
「課税扱い」にした時の「試算用」でしょうか？それとも私が知らない使い方があるのでしょうか？
残念ながら、よく分かりません。