源泉所得税の計算に非課税交通費が含まれていました

質問

こんにちは。
私は入社半年で、従業員10人ほどの会社で給料計算を担当しています。25年1月より所得税率が変更になったのですが、これまでの率でしか計算できない古い給与ソフト（ここではＡとします）を使い続けることになりました。そこで今まで自動算出できていた所得税を手入力することになったのですが、その際いくつか気になる点が見つかりました。

１．給与ソフトが、非課税の交通費も含めたうえで所得税を計算していた（入力箇所は非課税交通費と課税交通費にきちんとわかれています）。つまり明細上では非課税交通費に金額が出ているが所得税を計算するうえで課税扱いになっているました。もちろん源泉徴収票もその額で作成されています。
２．古い給与ソフトＡの前はＢの給与ソフトを使用していたが、その時も非課税の交通費を含めたうえで所得税が計算されている。少なくとも前任者が給与計算をしていた間ずっとその計算方法だったようです。
３．交通費に関する法律改正のあった平成24年1月以降も、通勤距離にかかわらずどの従業員も交通費は非課税扱いでした。

私が給与ソフトを過信しすぎて放置していたのも悪いのですが、何年も前から所得税の算出方法が間違っていたと思うと、今更訂正する気になりません。しかし同時に自己嫌悪に陥ってしまいます。どうすることが一番いいのでしょうか。それとも上記１～３は職場によっては認められるやり方なのでしょうか？

ちなみに、給与計算にかかわっているのは私だけで、社長は私に任せきりになっています。
どなたかアドバイスをお願いいたします。

回答No.4

noname#212174

長いですがよろしければご覧ください。

＞どうすることが一番いいのでしょうか。

※回答の前に、いくら古いソフトとはいえ、「非課税の交通費も含めたうえで所得税を計算していた」というような、「素人が作ったようなバグ」があることが、にわかには信じられないのですが、ご質問の趣旨とズレますのでその点は不問といたします。

「事務処理の間違い」はあって当たり前のものです。
それが、たまたま「通勤手当の課税処理の誤り」だったということです。
今後も、「間違い」は発生する前提で業務を行う必要がありますので、今回のことを機に「間違いに気付いた時の対応」について「社長」とよく話し合っておくことをお勧めします。

原則的なことを言えば、社員のミスは「会社」のミス＝「社長の責任」です。
ですから、「自分で何とかできる」からといって、「社長への報告」を怠ると、「社長は社内の問題を把握できなく」なり、「社長が問題を把握できるのは、社員の能力超えた問題が発生した時のみ」となってしまいます。

また、社員自身も、「自分で何とかなった」ので、その後も同じように対処するようになり、「手に負えない問題で無理をし、問題をこじらせて社長が把握」ということになりがちです。

このようなことはいわば常識ですから、まともな社長なら理解できることです。

今回「半年」で発見できたのは、「運が良かった」と前向きに考えて、今後の反省材料にすれば良いことです。
また、yummyomnibusさんが、前任者の事後処理をすることにはなりますが、yummyomnibusさんがその責任まで感じる必要はありませんし、「間違いを発見した」ということは、評価されこそすれ、非難されるべきことではありません。

まずは、包み隠さず「社長」に報告してください。

こういうイレギュラーな対応こそ経験が問われますので、「自分ではなんともならない」と思えば、「（経験豊富な）税理士、会計士」に相談するのが良いですが、それがかなわなければ、「国税は税務署」「地方税は自治体」へ相談すれば良いでしょう。

税務官庁は、様々なケースに対応しているわけですから、（対応した職員さんにもよりますが）「有効なアドバイス」を受けられるでしょう。
今回は、「納税額が不足」しているわけではありませんから、その点は気が楽かと思います。

※ご存知のように、今は「（個人の）平成24年分の申告相談」が最優先の体制になっていますから、相談の時期はずらすべきでしょう。

＞それとも上記１～３は職場によっては認められるやり方なのでしょうか？

「非課税扱い」で処理しているなら、税額計算からは除外するという原則が変わることはありません。

（参考情報）

『国税に関するご相談について』
http://www.nta.go.jp/shiraberu/sodan/denwa_soudan/index.htm
『納税者支援調整官を設置している国税局・税務署のご案内』
http://www.nta.go.jp/soshiki/kokuzeicho/kiko/nozeishashien/index.htm
『税務署が親切』
http://blog.livedoor.jp/stock_value/archives/50363449.html

お礼

ご回答ありがとうございます。

＞※回答の前に、いくら古いソフトとはいえ、「非課税の交通費も含めたうえで所得税を計算していた」というような、「素人が作ったようなバグ」があることが、にわかには信じられないのですが、ご質問の趣旨とズレますのでその点は不問といたします。

現在のソフト（Ａのソフト）で非課税交通費の初期設定を確認したところ、「所得税計算をするうえで非課税扱いにする」というチェック項目があり、そこにチェックはついていませんでした。法律で決まっているのにもかかわらず、オプションみたいに項目の課税・非課税をユーザーに選択させるとはどういったことかと思いました。ひとつ前のＢのソフトでもそのような設定があったのかはわかりません。

とにかく、報告しようと思います。
参考情報のアドレスも参考に、税務官庁への相談も視野に入れようと思います。